对公账户打进2000万是否会被查，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：

1. 正常业务往来，无违规情形

• 结论：若2000万款项属于正常的业务往来，如合同款、投资款、借款等，且交易双方均依法履行了相关手续（如签订合同、开具发票、履行纳税义务等），则通常不会被税务或监管部门主动调查。
• 法律背景：根据《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国反洗钱法》等相关规定，税务和监管部门主要关注的是是否存在偷逃税款、洗钱等违法行为。若交易合法合规，则无需担心被查。
• 建议：确保交易合法合规，保留完整的交易凭证和合同，以备不时之需。

2. 存在可疑交易情形

• 结论：若2000万款项的打入存在可疑情形，如交易双方无真实业务往来、款项来源不明、交易金额与业务规模不符等，则可能触发税务或监管部门的调查。
• 法律背景：根据《中华人民共和国反洗钱法》第三十二条，金融机构、特定非金融机构发现交易与监控名单所列国家（地区）、组织、个人有关，或者交易金额、频率、流向、性质等存在异常情形，经分析认为涉嫌洗钱的，应当向中国反洗钱监测分析中心提交可疑交易报告。同时，税务部门也会对异常交易进行关注，以防范偷逃税款等违法行为。
• 可能后果：若被认定为可疑交易，相关账户可能被冻结，交易双方可能面临税务稽查、行政处罚甚至刑事责任。
• 建议：避免进行可疑交易，确保交易真实、合法、合规。若发现交易存在异常，应及时与银行或税务部门沟通，说明情况并提供相关证明材料。

3. 涉及大额现金交易

• 结论：若2000万款项是通过大额现金方式打入对公账户，则可能触发反洗钱监管机制，导致账户被查。
• 法律背景：根据《金融机构大额交易和可疑交易报告管理办法》第九条，单笔或者当日累计人民币交易20万元以上或者外币交易等值1万美元以上的现金缴存、现金支取、现金结售汇、现钞兑换、现金汇款、现金票据解付及其他形式的现金收支，金融机构应当向中国反洗钱监测分析中心报告。
• 可能后果：若未按规定报告大额交易，金融机构可能面临监管处罚。同时，若交易被认定为可疑，相关账户可能被冻结，交易双方可能面临进一步调查。
• 建议：尽量避免使用大额现金进行交易，优先选择银行转账等电子支付方式。若确实需要现金交易，应确保交易合法合规，并保留完整的交易凭证。

4. 涉及特定行业或领域

• 结论：若对公账户所属企业涉及特定行业或领域（如金融、房地产、珠宝等），则可能因行业特殊性而受到更严格的监管，导致账户被查。
• 法律背景：不同行业或领域可能受到不同的监管规定和政策影响。例如，金融行业可能受到银保监会的严格监管，房地产行业可能受到住建部和税务部门的联合监管。
• 可能后果：若企业未按规定履行相关义务或存在违规行为，则可能面临监管处罚、账户冻结等后果。
• 建议：了解并遵守所在行业或领域的监管规定和政策要求，确保企业合法合规经营。

总结与建议：

• 对公账户打进2000万是否会被查，取决于交易的真实性、合法性以及是否涉及可疑情形或特定行业监管要求。
• 为确保账户安全，建议企业：
  1. 确保交易真实、合法、合规；
  2. 保留完整的交易凭证和合同；
  3. 避免进行可疑交易或大额现金交易；
  4. 了解并遵守所在行业或领域的监管规定和政策要求。

若您在对公账户管理或交易过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。