保密协议中约定违约金是合法的，但需满足一定条件。以下是对这一问题的详细分析：

法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：明确规定了当事人可以约定一方违约时根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一条款为保密协议中约定违约金提供了直接的法律基础。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条（针对劳动关系中的保密协议）：用人单位与劳动者可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。虽然这一条款主要针对竞业限制，但也从侧面肯定了保密协议中违约金条款的合法性，在劳动关系背景下。

合法条件

1. 意思表示真实：双方当事人在签订保密协议时，对于违约金条款的约定必须基于真实、自愿的意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。

2. 内容合理：

   • 违约金的数额应当合理，不能过高或过低。过高的违约金可能会被视为不公正的条款而得不到法院的支持；过低的违约金则难以有效地弥补由于泄露机密所带来的损失。
   • 判断违约金是否合理时，应综合考虑违约行为可能造成的损失、保密信息的重要性、商业价值等因素。如果违约金过高，违约方可以请求人民法院或者仲裁机构适当减少；如果违约金过低，守约方可以请求人民法院或者仲裁机构适当增加。

3. 遵守法律法规：保密协议的相关约定应严格遵守法律法规的强制性规定，不得有任何形式的违反法律、行政法规强制性规定的情况出现。

实际操作建议

1. 明确违约情形：在保密协议中，应详细列明哪些行为构成违约，如未经授权披露或使用保密信息等。

2. 合理设定违约金数额：根据保密信息的重要性、可能造成的损失以及违约方的过错程度等因素，合理设定违约金数额。

3. 保留相关证据：在签订保密协议时，双方应保留好相关证据，如协议文本、签字盖章等，以备在发生纠纷时作为证明。

法律后果

如果保密协议中的违约金条款合法有效，且违约方确实存在违约行为，那么违约方需要按照协议约定支付违约金。如果违约方拒绝支付或支付不足，守约方有权通过法律途径追究违约方的责任，包括向人民法院提起诉讼或申请仲裁等。

总结来说，保密协议中约定违约金是合法的，但必须满足意思表示真实、内容合理、遵守法律法规等条件。在签订保密协议时，双方应充分考虑上述因素，并确保协议条款的合法性和有效性。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。