保险公司是否将脑梗司法鉴定机构的结果作为赔偿依据，需分情况讨论：

1. 司法鉴定机构结论与保险合同条款的关联性
   若保险合同中明确约定“脑梗需经指定司法鉴定机构确诊并达到特定伤残等级”作为赔偿条件（例如重疾险中“脑中风后遗症”需满足肢体机能或语言功能丧失等标准），则鉴定结果将直接决定保险公司是否赔付。此时需注意：

   • 鉴定机构需具备合法资质（如司法部颁发的《司法鉴定许可证》）；
     
   • 鉴定程序需符合《司法鉴定程序通则》（如双方共同委托或法院指定）；
     
   • 鉴定内容需与合同条款严格对应（例如合同要求“永久性功能障碍”，则短期康复后未遗留症状可能不赔）。

2. 保险合同未明确约定鉴定机构时的处理
   若合同仅笼统约定“以医疗机构诊断证明为准”，或未规定鉴定机构，则保险公司通常需接受二级及以上公立医院出具的脑梗诊断证明。但若双方对病情严重程度（如是否构成伤残）存在争议，保险公司可能要求委托司法鉴定机构重新评估，此时鉴定结果可能成为协商或诉讼中的关键证据，但非绝对依据——法院会综合病历、治疗记录等证据判断是否达到赔付标准。

3. 保险公司单方指定鉴定机构的效力
   若保险公司未经被保险人同意单方委托鉴定机构，且被保险人对结果有异议，可申请重新鉴定（《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第40条）。法院可能因程序瑕疵（如未通知被保险人到场）或实体问题（如鉴定标准与合同不符）而不采信原鉴定结论。

实务建议：

• 投保时仔细阅读合同条款，明确“脑梗”的赔付条件（如是否要求后遗症、鉴定机构范围）；
  
• 发生理赔争议时，要求保险公司出具书面拒赔通知，并核对其引用的合同条款；
  
• 若对鉴定结果有异议，及时咨询律师，通过诉讼程序申请重新鉴定或主张程序违法。
  

如有具体合同条款或鉴定报告需要分析，可直接提供内容，我将进一步结合法律条文解读。