公司支付被法院起诉的欠款时，做账需根据欠款性质、支付阶段及会计政策进行规范处理，具体分以下情况：

1. 支付前已确认负债（如已计提“应付账款”或“其他应付款”）

   • 会计分录：
     借：应付账款/其他应付款（原确认的负债科目）
     贷：银行存款（实际支付金额）
     
   • 关键点：
     
     • 若支付金额包含利息或违约金，需拆分本金与附加费用。例如：
       借：应付账款（本金）
       借：营业外支出（违约金/罚款）
       借：财务费用（利息）
       贷：银行存款
       
     • 需保留法院判决书、执行通知书、付款凭证等作为原始凭证，确保账务与法律文件一致。

2. 支付前未确认负债（如突发诉讼导致需补记）

   • 会计分录：
     借：营业外支出（诉讼损失）
     贷：其他应付款（临时挂账）
     （支付时）
     借：其他应付款
     贷：银行存款
     
   • 关键点：
     
     • 若诉讼结果存在不确定性，可先通过“预计负债”科目核算（需符合《企业会计准则第13号——或有事项》条件），例如：
       借：营业外支出
       贷：预计负债
       （实际支付时冲减预计负债）。

3. 涉及增值税的特殊情况（如购买服务未付款被起诉）

   • 会计分录：
     借：应付账款（本金+增值税）
     贷：银行存款（本金+增值税）
     
   • 关键点：
     
     • 若欠款包含增值税，需确保税款部分可抵扣（如取得合法增值税专用发票），否则需计入成本。例如：
       借：管理费用（不可抵扣部分）
       借：应交税费——应交增值税（进项税额）（可抵扣部分）
       贷：银行存款
       

4. 税务处理注意事项

   • 企业所得税：支付的欠款本金通常不可税前扣除，但违约金、诉讼费等可凭合法凭证在税前扣除（《企业所得税法》第十条）。
     
   • 印花税：若欠款涉及合同（如借款合同），需按税率缴纳印花税（如借款合同按0.05‰贴花）。
     

操作建议：

1. 支付前核对法院文书与合同条款，确认欠款金额及构成；
   
2. 支付后及时取得收款方出具的收据或发票，作为入账依据；
   
3. 若涉及跨期支付（如分期还款），需按权责发生制分摊费用，避免利润波动。
   

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会结合法律与会计规范为您详细解答。