结论：员工非医师行医罚款比员工单位处罚高，在特定情形下是合理的，这主要取决于具体的违法情节、造成的后果以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 从违法主体和责任性质角度
   • 员工个人：员工非医师行医，直接违反了《医师法》等相关法律法规中关于必须取得医师资格才能从事医师执业活动的强制性规定。这是一种直接针对个人执业资格和执业行为的违法，其主观故意和行为的直接危害性往往较为明显。如果员工明知自己没有医师资格却故意行医，且造成了较为严重的后果，如患者健康受损甚至死亡等，那么对其处以较高罚款，是为了严厉打击这种严重危害公众健康和医疗秩序的行为，体现法律的威慑力。
   • 员工单位：单位承担责任通常是因为其存在管理上的疏忽或过错，比如未尽到对员工执业资格的审核义务，允许无医师资格的员工从事医疗活动等。单位的行为更多是一种间接责任，其主观恶性相对员工个人直接违法行医可能较小。所以，在处罚力度上，可能会根据单位的过错程度和造成后果的严重性，相对员工个人处罚较轻。例如，单位如果只是初次疏忽，且在事件发生后积极采取措施整改，配合调查等，那么处罚可能会相对较低。
2. 从法律规定的处罚幅度角度
   • 针对员工个人的处罚规定：《医师法》等相关法律对于非医师行医的行为规定了明确的处罚条款，并且根据违法情节的轻重，设定了相应的罚款幅度。如果员工非医师行医情节严重，如多次违法行医、行医过程中存在严重过错导致严重后果等，那么在法律规定的幅度内，就可能会被处以较高罚款。
   • 针对员工单位的处罚规定：对于单位允许非医师行医的违法行为，法律同样规定了处罚措施，但处罚幅度的设定会综合考虑单位的性质、规模、过错程度等因素。一般来说，单位处罚的幅度可能相对员工个人直接违法行医的处罚幅度，在同等情节下会低一些。不过，如果单位存在故意纵容、情节特别恶劣等情况，也可能会面临较重的处罚。
3. 从社会危害性和法律价值取向角度
   • 员工个人非医师行医：直接威胁到患者的生命健康安全，破坏了正常的医疗秩序和医疗行业的公信力。为了保护公众的生命健康这一最基本的权益，法律会对这种直接危害行为予以严厉制裁，通过较高的罚款来强化对个人违法行医的打击力度，维护医疗行业的规范和安全。
   • 员工单位的管理责任：虽然单位的管理不善也为非医师行医提供了条件，但单位的责任更多体现在对内部管理的失职上。法律在处罚单位时，除了考虑对医疗秩序的影响外，还会兼顾单位的正常运营和社会经济秩序的稳定等因素。所以，在处罚力度上会与员工个人直接违法行医有所区别。

建议：如果遇到员工非医师行医被处罚，且对罚款高低存在疑问，建议详细了解处罚依据的具体法律法规条款，分析违法情节和造成的后果，评估处罚是否合理合法。如有需要，可以进一步向我咨询相关法律问题，我会为你提供更详细的解答。