公司工程款打入个人账户，在大多数情况下是违反法律法规的，但具体是否违法需视情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、一般情况下的违法性
违反支付结算规定：
- 根据《人民币银行结算账户管理办法》等相关规定，单位从其银行结算账户支付给个人银行结算账户的款项，应遵循严格的支付结算流程。直接将工程款打入个人账户，可能违反了这些规定，导致银行及相关责任人承担行政责任。
逃税风险：
- 将工程款打入个人账户，可能使企业逃避缴纳企业所得税、增值税等税费。这种行为增加了企业偷税漏税的风险，一旦查实，企业将面临补缴税款、滞纳金、罚款，甚至刑事责任。
职务侵占或挪用资金风险：
- 公司内部人员若利用职务之便，将工程款私自打入自己或他人的私人账户，可能构成职务侵占罪或挪用资金罪。这些行为严重损害了公司的利益，将受到法律的严惩。
财务管理混乱：
- 工程款打入个人账户还可能导致公司财务管理混乱，影响企业正常的财务审计和资金流向的清晰度。这对于企业的长期发展和合规经营都是极为不利的。
二、特定情况下的合法性
尽管存在上述违法风险，但在某些特定情况下，将工程款打入个人账户可能是合法的：
个人承包工程：
- 如果工程项目是由个人承包的，且双方签订了合法的合同或协议，那么将工程款支付到该个人的银行账户是合法的。这种情况下，资金流转是基于正常的商业交易行为。
公司授权：
- 在某些情况下，公司可能出于方便或其他原因，授权将工程款支付给特定的个人。只要这种授权是合法的，并且符合公司的财务规定和法律法规，那么这种行为也是合法的。但需注意，公司应保留好相关的授权文件和支付记录，以备查证。
劳务报酬支付：
- 如果工程款实际上是对个人提供劳务的报酬，如包工头或工人的工资，那么将款项支付到他们的个人账户也是合理的。但需确保劳务关系的真实性，并依法代扣代缴个人所得税。
特定费用支付：
- 在某些特殊情况下，如发包方、承包方以及相关监管方共同认可将工程款打入某个特定的私人账户，并且该账户用于支付该项目特定费用（如农民工个人工资），且有完备的财务记录和审批流程，那么这种操作可能是合法的。但这种情况下，必须确保资金流转的透明度和合规性。
三、法律建议与风险提示
严格遵守法律法规：
- 公司在处理工程款支付问题时，应严格遵守相关法律法规和财务规定，确保资金的合法合规使用。避免将工程款随意打入个人账户，以减少法律风险和财务纠纷。
完善内部管理制度：
- 公司应建立健全的财务管理制度，加强内部管理和监督。明确工程款支付流程和审批权限，确保资金流转的透明度和合规性。
保留好相关证据：
- 无论采用哪种支付方式，公司都应保留好相关的合同、发票、凭证等资料。这些资料是证明资金流转合法性和合规性的重要依据，有助于避免潜在的法律风险和财务纠纷。
及时咨询专业律师：
- 如果公司在处理工程款支付问题时遇到法律疑问或纠纷，应及时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助公司维护合法权益。
总结来说，公司工程款打入个人账户在大多数情况下是违法的，但特定情况下可能合法。为确保合规性和安全性，公司应严格遵守相关法律法规和财务规定，完善内部管理制度，并保留好相关证据。如有任何法律疑问或纠纷，请直接向我咨询。