结论：在承包商建筑物遮挡了农作物的情况下，赔偿责任的归属需根据具体情况判断，一般应先找承包商协商赔偿事宜，若协商不成且土地所有人有过错，则可考虑将土地所有人和承包商列为共同被告。以下从不同角度进行分析：
一、承包商的责任
侵权责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。承包商在建造建筑物时，如果未考虑到对周边农作物的影响，导致建筑物遮挡了农作物，影响了农作物的正常生长和收成，那么承包商的行为可能构成侵权，应当承担相应的赔偿责任。
相邻关系处理：
- 在处理相邻关系时，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。承包商在建造建筑物时，应当考虑到对周边农作物的影响，并采取必要的措施避免或减少损害的发生。如果承包商未履行这一义务，导致农作物受损，那么承包商应当承担相应的责任。
二、土地所有人的责任
土地管理责任：
- 土地所有人对其土地负有管理责任。如果土地所有人在将土地承包给承包商时，未明确告知承包商土地的使用限制和注意事项，或者未对承包商的建造行为进行必要的监督和管理，导致建筑物遮挡了农作物，那么土地所有人可能因未尽到管理责任而承担一定的过错责任。但这种情况下的责任通常是次要的，主要责任仍在承包商。
合同关系：
- 如果土地所有人与承包商之间签订了土地承包合同，并且合同中明确规定了承包商在建造建筑物时应当遵守的规范和标准，以及因违反规定造成损害时的赔偿责任，那么土地所有人可以根据合同约定向承包商主张权利。在这种情况下，土地所有人本身并不直接承担赔偿责任，而是作为合同的一方，协助受损方（如农作物所有者）向承包商追偿。
三、建议的处理方式
协商解决：
- 首先，建议农作物所有者与承包商进行协商，尝试通过友好协商的方式解决赔偿问题。在协商过程中，可以明确双方的责任和赔偿金额，并签订书面协议以避免后续纠纷。
法律途径：
- 如果协商不成，农作物所有者可以考虑通过法律途径解决纠纷。可以向当地的人民法院提起诉讼，要求承包商承担赔偿责任。如果土地所有人在事件中存在过错，也可以考虑将土地所有人和承包商列为共同被告。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明承包商的建筑物确实遮挡了农作物，并造成了实际损害。
寻求专业帮助：
- 在处理此类纠纷时，建议农作物所有者寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助农作物所有者更好地维护自己的合法权益。
最后，在处理承包商建筑物遮挡农作物的问题时，需要综合考虑多种因素，包括承包商的责任、土地所有人的责任以及具体的合同关系等。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。