针对您提出的问题，即父母过世后，在其中一个儿子名下的安置房如何通过协议来明确归属，以下是一个详细且专业的解答方案，包括协议书的核心要素、一个完整的协议书模板以及一些重要的注意事项。

一、协议书核心要素

在撰写此类协议书时，需要包含以下几个核心要素：

1. 标题：明确为《房屋继承协议书》或《遗产分割协议》。

2. 当事人信息：

   • 所有法定继承人（在此情况下为两个儿子）的姓名、身份证号、联系方式。
   • 被继承人（父母）的姓名、死亡时间、生前住址。

3. 房屋基本信息：

   • 房产证号、地址、面积、产权归属（需明确该房屋虽登记在某一儿子名下，但实为父母遗产）。

4. 继承方式声明：

   • 明确两个儿子对房屋的继承意愿，如是否放弃继承权或接受继承权。

5. 具体分配方案：

   • 房屋归属人及补偿方式（如货币补偿、其他财产折抵等，若房屋归其中一个儿子所有，则需明确补偿另一儿子的金额和方式）。

6. 权利义务条款：

   • 配合办理过户手续的责任。
   • 违约责任（如逾期付款、拒绝配合过户的赔偿标准）。

7. 争议解决机制：

   • 优先选择协商或调解，必要时可约定诉讼管辖地。

8. 签署与生效：

   • 协议签署日期、地点、见证人或公证处信息（如需）。
   • 生效条件（如自签字之日起生效）。

二、完整协议书模板

# 房屋继承协议书

甲方（长子）：[姓名]，身份证号[身份证号]，住址[住址]
乙方（次子）：[姓名]，身份证号[身份证号]，住址[住址]

被继承人：父亲[姓名]（已故），身份证号[身份证号]，死亡时间[XXXX年XX月XX日]；
　　　　　母亲[姓名]（已故），身份证号[身份证号]，死亡时间[XXXX年XX月XX日]。

## 一、房屋基本情况
登记于[具体儿子姓名]名下的房产一套，实为父母遗产，位于[XX市XX区XX路XX号]，房产证号[XXX]，建筑面积[XX平方米]。

## 二、继承安排
1. 经协商，甲方与乙方同意，该房屋归[具体归属儿子姓名]所有。
2. [具体归属儿子姓名]应于本协议签订后[XX]日内，向另一方支付补偿款人民币[XX万元]。
3. 另一方收到补偿款后，应放弃对该房屋的继承权，并协助办理房屋过户手续。

## 三、权利义务
1. 双方应互相配合，及时提供办理房屋过户所需的一切文件和资料。
2. 如[具体归属儿子姓名]逾期付款，每逾期一日按未付金额的[0.05%]支付违约金。
3. 如另一方拒绝配合过户，应赔偿[具体归属儿子姓名]因此遭受的一切损失。

## 四、争议解决
因本协议产生争议，由双方协商解决；协商不成，提交[XX区人民法院]诉讼。

## 五、其他
本协议一式两份，双方各执一份，自签字之日起生效。

甲方（签字捺印）：_________　　日期：XXXX年XX月XX日
乙方（签字捺印）：_________　　日期：XXXX年XX月XX日

三、注意事项

1. 法律合规性：

   • 确保协议内容不违反《民法典》（继承编）、《不动产登记暂行条例》等规定。
   • 若涉及代位继承、转继承等特殊情形，需明确法律依据。

2. 形式要求：

   • 建议由全体继承人亲笔签名并捺印，必要时办理公证以增强法律效力。
   • 保留身份证复印件、亲属关系证明（如户口本、出生公证）等附件。

3. 风险防范：

   • 确认房屋无其他共有人或已取得其他共有人的同意。
   • 若房屋存在抵押、查封等限制，需在协议中说明处理方式。

通过遵循上述结构化的协议模板和注意事项，您可以有效地避免后续纠纷，确保继承过程合法、清晰。希望这个解答方案能对您有所帮助。