结论：在借款人辩称已向出借人指定账户还款并提供还款证明，但出借人不认可的情况下，认定还款事实需综合考虑多方面因素，包括还款证明的真实性、合法性、关联性，以及双方当事人的陈述和证据等。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、还款证明的真实性与合法性审查
真实性：
- 借款人提供的还款证明，如银行转账记录、收据等，必须真实存在，且未被篡改或伪造。
- 法院或仲裁机构会对还款证明的真实性进行审查，包括核对转账记录中的收款人账户信息、转账金额、转账时间等是否与借款人陈述一致。
合法性：
- 还款证明必须合法取得，不能是通过非法手段获取，如盗窃、欺诈等。
- 如果还款证明涉及非法活动，如洗钱等，那么该证明将不被法院或仲裁机构采纳。
二、还款证明的关联性审查
与借款合同的关联性：
- 还款证明必须能够证明借款人已经按照借款合同的约定履行了还款义务。
- 如果还款证明与借款合同无关，或者无法证明还款行为与借款合同之间的联系，那么该证明将不被视为有效证据。
与出借人认可的关联性：
- 尽管借款人提供了还款证明，但如果出借人否认该证明与还款行为之间的关联性，借款人需要进一步提供证据来证明其还款行为确实得到了出借人的认可。
- 这可能包括出借人之前的确认函、聊天记录、录音等证据。
三、双方当事人的陈述与证据
借款人的陈述：
- 借款人需要详细陈述还款的过程、时间、地点、方式等，并提供相应的证据来支持其陈述。
- 如果借款人的陈述存在矛盾或不合理之处，那么其还款主张可能受到质疑。
出借人的陈述：
- 出借人也有权对借款人的还款主张进行反驳，并提供相反的证据来证明借款人未履行还款义务。
- 出借人的陈述和证据同样需要经过法院或仲裁机构的审查和认定。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果借款人能够提供充分、有效的还款证明，并证明其已经按照借款合同的约定履行了还款义务，那么法院或仲裁机构将认定借款人已经还款，出借人无权再要求借款人还款。
- 如果借款人无法提供充分、有效的还款证明，或者其提供的证明无法证明其已经履行了还款义务，那么法院或仲裁机构将认定借款人未还款，借款人需要承担相应的法律责任。
建议：
- 对于借款人而言，在还款时务必保留好还款证明，如银行转账记录、收据等，并确保这些证明的真实性和合法性。
- 对于出借人而言，在收到还款后应及时确认并保留相关证据，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果双方对还款事实存在争议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决纠纷，以维护自身合法权益。
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