协议是否有效与过度安置费超过三年没发，这两者并不直接冲突，协议本身在符合法律规定的情况下仍然是有效的。不过，我们可以从多个角度来详细分析这个问题：
协议效力的法律基础
协议成立与生效：
- 协议的成立需要双方意思表示一致，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 协议生效后，双方应按照协议约定履行各自的义务。如果协议中约定了过度安置费的支付条款，那么支付方就有义务按照约定支付。
协议的有效期：
- 协议的有效期通常由双方在协议中约定。如果没有约定，则根据法律规定或交易习惯来确定。
- 即使过度安置费超过三年没发，这并不直接导致协议失效。除非协议中有特别约定，如“逾期未支付则协议自动终止”等，否则协议仍然有效。
过度安置费未支付的法律后果
违约责任：
- 如果支付方未按照协议约定支付过度安置费，则构成违约。违约方应承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。
- 受损方有权要求违约方支付逾期利息或违约金（如果协议中有约定）。
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
- 如果过度安置费未支付已经超过三年，但受损方在此期间内曾经向支付方主张过权利（如发送催款通知、提起诉讼等），则诉讼时效可能中断并重新计算。
- 如果受损方在三年内未主张权利，且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么支付方可能提出诉讼时效抗辩，导致受损方无法通过法律途径追讨过度安置费。不过，这并不影响协议本身的效力。
实际操作建议
核查协议条款：
- 首先，应仔细核查协议中关于过度安置费的支付条款，包括支付金额、支付时间、支付方式等。
- 同时，注意协议中是否有关于逾期支付的违约责任或协议终止等特别约定。
与支付方协商：
- 如果过度安置费确实未支付，且协议仍然有效，那么受损方可以尝试与支付方进行协商，寻求解决方案。
- 协商过程中，可以明确要求支付方按照协议约定支付过度安置费，并承担逾期支付的违约责任。
寻求法律途径：
- 如果协商无果，受损方可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 可以向人民法院提起诉讼，要求支付方支付过度安置费及逾期利息或违约金。在诉讼过程中，应注意收集并保存相关证据，如协议文本、催款通知、支付记录等。
总结来说，过度安置费超过三年没发并不直接导致协议失效。协议本身在符合法律规定的情况下仍然是有效的。受损方可以根据协议条款和法律规定来维护自己的权益，包括与支付方协商、寻求法律途径等。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。