结论前置：迟到不满1小时扣1小时工资的做法，在大多数情况下是不合理且可能违法的。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据与解读

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。迟到不满1小时扣1小时工资，若这种扣减并非基于合理的工作安排或损失补偿，而是无故进行的，那么就可能构成对工资的克扣。
2. 《工资支付暂行规定（1004年版）》第十五条：用人单位不得克扣劳动者工资，仅在特定情况下可以代扣，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等。迟到不满1小时并不属于这些可代扣工资的情形，因此，扣减工资缺乏法律依据。
3. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。迟到不满1小时扣1小时工资，若这种扣减导致劳动者实际获得的劳动报酬低于劳动合同约定或国家规定，那么用人单位就可能构成违法。

二、合理性分析

1. 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了迟到不满1小时扣1小时工资的条款，且该条款是双方自愿协商达成的，虽具有一定合法性，但也不能违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准等。然而，从合理性角度看，这种扣减方式可能过于严苛，不利于维护劳动关系的和谐稳定。
2. 规章制度规定：若劳动合同未作此约定，用人单位单方面规定迟到不满1小时扣1小时工资，则属于擅自变更劳动合同内容，是不合法的行为。劳动者有权拒绝该规定，并要求按照正常工资计算方式支付劳动报酬。
3. 扣罚金额合理性：即便有劳动合同或规章制度约定，扣罚工资的数额也应合理。迟到不满1小时扣1小时工资的规定，可能给劳动者造成不必要的经济损失，尤其是当劳动者已经付出了大部分劳动时间时。这种扣减方式显然不合理，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求纠正或给予合理补偿。
4. 公平公正原则：从公平公正的角度看，劳动者付出了大部分的劳动时间，仅因迟到不满1小时就被扣除相应时间的劳动所得，这严重损害了劳动者获取劳动报酬的合法权益。用人单位在处理迟到问题时，应遵循公平公正的原则，避免过度处罚。

三、实际建议与操作指南

对于用人单位：

• 应依法建立和完善规章制度，确保内容合法、合理且经过民主程序制定。
• 在处理员工迟到等问题时，应遵循合法、合理、公平的原则，避免过度处罚。可以设定合理的迟到扣罚措施，如迟到一次扣除一定金额或按比例扣减工资等，并确保该措施与迟到造成的影响相对合理匹配。

对于劳动者：

• 应了解自己的权益和义务，对用人单位的不合理规定有权提出异议并要求纠正。
• 如遇到权益受损的情况，应先与用人单位沟通协商；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁乃至提起诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，迟到不满1小时扣1小时工资的做法不仅不合理，而且在多数情况下可能违法。用人单位和劳动者都应充分了解相关法律法规，确保在处理此类问题时能够依法行事，保护双方的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。