合作协议可以盖公章，但更常见且推荐的做法是盖合同章。以下是对这一问题的详细分析：
印章的法律效力与使用场景
合同章：
- 专门用途：合同章是专门用于签订各类经济合同的印章，它体现了公司对特定经济活动的认可和承诺。
- 法律效力：加盖合同章的合作协议，在法律上具有确认合同效力的作用，能够保障协议的合法性和双方权益的保护。
- 使用场景：在签订合作协议、买卖合同、租赁合同等经济合同时，通常使用合同章。
公章：
- 最高法律效力：公章是公司处理内外部事务的最高法律效力印鉴，代表公司的整体意志。
- 使用范围：公章通常用于公司的重要文件、证照、决议等正式场合，其法律效力广泛且权威。
- 在合作协议中的使用：虽然公章也可以用于合作协议，但由于其代表公司的最高意志，通常在涉及公司重大利益或需要最高级别认可的情况下使用。
选择依据与实际操作
公司内部管理制度：
- 公司应根据自身设立的印章使用管理制度来决定具体使用哪种印章。若制度规定合作协议统一使用合同章，则应遵循该规定。
- 若公司内部管理制度未明确规定，则可以根据合作协议的性质、重要性以及合作方的要求来灵活选择。
合作方要求：
- 在某些特殊情况下，合作方可能对印章类型有特别要求。此时，公司应与合作方协商，并根据相关法律法规和公司章程的规定来确定最终使用的印章类型。
- 如果合作方明确要求使用公章，且该要求不违反法律法规和公司章程，那么公司应满足合作方的要求。
常规做法与推荐：
- 由于合作协议本质上是一种经济合同，旨在明确合作双方的权利和义务，因此，在协议上加盖合同章是符合常规做法的。
- 合同章的使用更能体现公司对协议的认可和承诺，也有助于确保协议的合法性和有效性。因此，在大多数情况下，推荐使用合同章。
可能的法律后果
如果使用合同章：
- 合作协议在法律上具有确认合同效力的作用，双方应按照协议约定履行各自的权利和义务。
- 如果一方违约，另一方可以依据合作协议和合同章的法律效力，通过法律途径维护自己的权益。
如果使用公章：
- 同样具有法律效力，但可能因公章的权威性和广泛性，而在涉及公司重大利益时引发更多的法律关注和争议。
- 在使用公章时，公司应更加谨慎，确保协议内容符合公司利益和法律法规要求。
总结与建议：
在签订合作协议时，公司应根据自身内部管理制度、合作方的要求以及协议的性质和重要性来灵活选择使用合同章或公章。在大多数情况下，推荐使用合同章，因为它更能体现公司对协议的认可和承诺，也有助于确保协议的合法性和有效性。如果公司或合作方对印章类型有特别要求，应协商确定并遵循相关法律法规和公司章程的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。