结论：中标单位分包后不给钱，甲方是否可以从合同款中扣除，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果甲方与中标单位签订的合同中明确约定了，当中标单位分包后未按时支付分包单位款项时，甲方有权从合同款中扣除相应金额，那么甲方可以依据合同约定进行扣除。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。因此，合同中的明确约定对双方具有法律约束力。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定甲方可以从合同款中扣除分包单位款项的情况，那么甲方直接扣除可能缺乏合同依据，可能构成违约。
- 建议：在此情况下，甲方应与中标单位进行协商，寻求其他解决方案，如要求中标单位提供担保、签订补充协议等。
二、法律关系角度
中标单位与分包单位的关系：
- 中标单位与分包单位之间形成的是独立的合同关系，中标单位有义务按照合同约定支付分包单位款项。
- 法律后果：如果中标单位未按时支付，分包单位有权依据合同向中标单位追讨欠款，并可能要求支付违约金或赔偿损失。
甲方与中标单位的关系：
- 甲方与中标单位之间形成的是建设工程合同关系，甲方有义务按照合同约定支付工程款。
- 法律限制：除非合同中有明确约定或法律另有规定，否则甲方不得随意扣除合同款。
三、实际操作角度
甲方直接扣除的风险：
- 如果甲方未经中标单位同意直接扣除合同款，可能引发双方之间的争议和纠纷，甚至可能导致法律诉讼。
- 建议：甲方在扣除前应确保有充分的合同依据或法律依据，并尽可能与中标单位进行协商，达成一致意见。
替代解决方案：
- 甲方可以要求中标单位提供担保或签订补充协议，确保分包单位能够按时收到款项。
- 甲方也可以协助中标单位与分包单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
进一步思考：在实际操作中，甲方应密切关注中标单位与分包单位之间的合同履行情况，及时发现并解决问题。如果中标单位存在违约行为，甲方应依据合同约定和法律规定采取相应的措施，维护自己的合法权益。同时，甲方也应加强与中标单位的沟通和协作，共同推动项目的顺利进行。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。