保险公司在垫付医药费后，是否会从赔偿金中扣除，这主要取决于保险合同的具体条款、事故责任以及相关法律法规的约定。以下是对这一问题的详细解答：

一、交强险情况

在交通事故中，如果符合交强险的垫付情形（例如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶、被保险机动车被盗抢期间肇事、被保险人故意制造道路交通事故等），交强险会先行垫付抢救费用。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十五条的规定，医疗机构对交通事故中的受伤人员应当及时抢救，不得因抢救费用未及时支付而拖延救治。肇事车辆参加机动车第三者责任强制保险的，由保险公司在责任限额范围内支付抢救费用。此后，对于交通事故中应由交强险承担赔偿责任的部分，保险公司会在责任限额范围内，对合理且必要的医药费等损失进行正常赔付。交强险的赔偿与是否垫付无直接关联，只要属于赔偿范围且未超出责任限额，就应予以赔付。

二、商业险情况

1. 一般情况：

   • 在商业保险（如商业三者险等）中，垫付与赔偿是两个不同的概念。垫付通常是在紧急情况下为保障伤者得到及时救治而提前支付的费用。
   • 最终的赔偿则会根据保险合同条款、事故责任认定等情况，对符合约定的医药费进行核算并赔付。只要事故损失在商业险的责任限额内且属于保险责任范围，扣除免赔额等应扣减的部分后，保险公司会进行相应赔偿。

2. 特殊约定：

   • 部分商业保险合同可能包含特别约定，如垫付费用已涵盖合同约定的赔偿范围或达到赔偿限额，则后续可能不再进行额外赔偿。因此，在具体案件中需仔细审查保险合同条款。

3. 车险三者险：

   • 车险三者险在垫付医药费方面需满足一定条件，即交警定责后明确为有责，且有责方无法承担医疗费用时，方可申请保险公司用三者险进行垫付。
   • 未经交警认定责任前，保险公司不会垫付医药费。垫付时，保险公司通常只垫付合理且必要的、在保障范围和限额内的相关医疗费用。

三、注意事项

1. 审核垫付费用：保险公司会对垫付的医药费进行审核，确认其是否属于保险赔偿范围，包括判断受伤原因是否在保险责任范围内以及费用的合理性等。

2. 收集相关材料：为核实垫付医药费的真实性和必要性，保险公司会收集医疗证明、费用清单等资料。

3. 计算赔偿金额：保险公司会依据保险条款和相关法律法规计算赔偿金额，通常以实际垫付的医药费为基础，扣除免赔额或按一定比例赔付。

4. 支付赔偿款项：赔偿款项会支付给垫付医药费的一方，如医疗机构或伤者本人，确保赔偿的及时性和准确性。

总结：保险公司在垫付医药费后，是否会从赔偿金中扣除，并非一概而论。它取决于保险合同的具体条款、事故责任以及相关法律法规的约定。因此，在处理此类问题时，建议仔细审查保险合同条款，并咨询专业律师或保险顾问的意见，以确保自身权益得到充分保障。