关于《行政诉讼法》第四十六条与《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第六十四条的适用原则，核心在于明确两者在起诉期限计算上的衔接与适用规则，具体分析如下：

一、法律条款内容梳理

1. 《行政诉讼法》第四十六条
   该条款规定了行政诉讼的起诉期限：

   • 一般期限：公民、法人或其他组织直接向法院提起诉讼的，应当自知道或应当知道行政行为作出之日起六个月内提出（法律另有规定的除外）。
     
   • 最长保护期限：因不动产提起诉讼的案件，自行政行为作出之日起超过二十年；其他案件自行政行为作出之日起超过五年的，法院不予受理。
     （注：此条款为起诉期限的基本框架，重点在于“知道或应当知道”的起算点及最长保护期限的限制。）

2. 《行诉解释》第六十四条
   该条款对起诉期限的起算点作出细化规定：

   • 行政机关未告知起诉期限：公民、法人或其他组织不知道行政行为内容的，起诉期限从知道或应当知道该行政行为内容之日起计算。
     
   • 涉及不动产的特殊规则：对涉及不动产的行政行为，若当事人既不知道内容也不知道诉权或起诉期限，起诉期限从知道或应当知道行政行为内容及诉权或起诉期限之日起计算，但自行政行为作出之日起超过二十年的除外。
     （注：此条款通过“知道内容”与“知道诉权”的分层起算，对第四十六条的“知道或应当知道”作出具体解释。）

二、适用原则分析

1. 一般案件的适用规则

   • 行政机关已告知起诉期限：直接适用《行政诉讼法》第四十六条，起诉期限为六个月，自知道行政行为之日起计算。
     
   • 行政机关未告知起诉期限：适用《行诉解释》第六十四条，起诉期限从知道行政行为内容之日起计算，但需注意最长保护期限（其他案件五年，不动产案件二十年）。
     （例：若行政机关作出处罚决定但未告知起诉期限，当事人三个月后知道处罚内容，则起诉期限从知道内容之日起算六个月；若五年后才发现处罚决定，则超过最长保护期限，法院不予受理。）

2. 涉及不动产案件的特殊规则

   • 双重起算点：若当事人既不知道行政行为内容，也不知道诉权或起诉期限，起诉期限从知道内容及诉权之日起计算，但最长不超过二十年（自行政行为作出之日起算）。
     （例：政府作出房屋征收决定但未通知当事人，当事人十年后通过其他途径得知征收决定及诉权，此时起诉期限从知道之日起算六个月，但若从征收决定作出之日起已超过二十年，则法院不予受理。）

3. 最长保护期限的绝对性

   • 无论当事人是否知道行政行为内容或诉权，二十年（不动产）或五年（其他案件）为绝对上限，超过则丧失诉权。
     （例：行政机关作出行政许可十年后，当事人方知该许可存在且侵害其权益，若该许可不涉及不动产，则因超过五年最长保护期限，法院不予受理。）

三、实务建议

1. 对行政机关的建议
   
   • 在作出行政行为时，务必书面告知当事人起诉期限及诉权，避免因未告知导致起诉期限从“知道内容”之日起算，延长潜在诉讼风险。
     
2. 对当事人的建议
   
   • 若发现行政行为可能侵害权益，应尽快通过法律途径维权，避免因超过起诉期限丧失诉权。
     
   • 若对起诉期限计算存在疑问（如行政机关未告知诉权或内容），可委托律师分析具体起算点及最长保护期限。
     

如有进一步疑问或需具体案件分析，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律意见。