当您发现实发工资与合同工资不一致时，这确实是一个需要认真对待的问题。以下是一套详细、有条理的处理建议，帮助您维护自己的合法权益：
一、核实工资差异原因
首先，您需要弄清楚工资差异的具体原因。这可能包括：
- 合理因素：如绩效考核、考勤问题、奖金或补贴的调整、财务失误等。这些情况下，用人单位可能有合理的解释和依据。
- 不合理因素：如用人单位故意压低工资以规避社保、税收等义务，或者未经您同意擅自降低工资标准等。这些行为可能违反了相关法律法规。
二、留存关键证据
在处理工资差异问题时，保留证据至关重要。您应收集并妥善保存以下证据：
- 劳动合同原件：这是证明双方约定工资数额和支付方式的最直接证据。
- 工资条或银行工资流水：这些能直观显示您的工资构成及实际发放金额，是维权的重要依据。
- 沟通记录：如与用人单位的邮件、微信聊天记录等，这些能证明双方就工资问题的交涉过程，有助于还原事实真相。
三、与用人单位协商
在核实差异原因并留存证据后，您应主动与用人单位进行协商。您可以：
- 要求解释：向用人单位了解工资差异的具体原因，并要求其提供合理的解释和依据。
- 提出诉求：如果工资差异是由于用人单位的错误或违法行为导致的，您应明确提出补足工资差额、重新签订劳动合同或补充协议等诉求。
四、利用法律途径维权
如果协商无果，您可以依次通过以下法律途径来维权：
- 内部投诉：向公司内部的人力资源部门或工会反映问题，要求其核实并解决工资差异问题。
- 劳动监察投诉：如果内部投诉未能解决问题，您可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令用人单位限期改正，并补足工资差额；用人单位还可能面临行政处罚。
- 劳动仲裁：如果劳动监察投诉未能解决问题，您可以在规定的仲裁时效内（一般为一年）向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，您需要提供充分证据支持自己的主张；仲裁裁决具有法律效力，用人单位应予以执行。
- 提起诉讼：如果您对仲裁结果不服，可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。通过司法途径解决争议，维护自己的合法权益。
五、注意事项
在处理工资差异问题时，您还需要注意以下几点：
- 及时维权：一旦发现工资差异，应及时采取措施维权，避免超过法定的时效期限。
- 保持冷静：在整个维权过程中，保持冷静和理性，依法依规维护自身权益。
- 增强法律意识：了解自己的权益和维权途径，增强法律意识，以便更好地保护自己的合法权益。
综上所述，当实发工资与合同工资不一致时，您应通过核实差异原因、留存关键证据、与用人单位协商以及利用法律途径维权等方式来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。