结论前置：员工请假当天扣双倍工资，在大多数情况下是不合法的。具体是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度以及请假类型等因素综合判断。
一、法律依据与工资支付原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确了用人单位支付工资的基本义务，即必须按时足额支付，不得随意克扣。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强化了用人单位支付工资的法律责任。
《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一条款限制了用人单位扣除工资的范围和比例，请假本身并不构成给单位造成经济损失的情况，因此用人单位无权因此扣除双倍工资。
二、不同请假类型下的工资支付
事假：
- 员工请事假期间，用人单位可以不支付其事假工资，但扣除的工资应以实际请假天数为限，按照员工的日工资或小时工资来计算，不得超出实际应扣金额，更不能以双倍扣除的方式处罚劳动者。
- 例如，某员工月工资为6000元，每月计薪天数按照21.75天计算，日工资约为275.86元（6000÷21.75）。如果该员工请假一天，用人单位扣除275.86元工资是合理的；若扣除双倍即551.72元，则超出了合理范围。
病假：
- 劳动者患病或非因工负伤治疗期间，单位应按规定支付其病假工资或疾病救济费，这通常低于正常工资，但不能低于最低工资标准的80%。
- 单位无权扣双倍病假工资，而应依据相关规定支付。
婚假、产假、丧假等法定假期：
- 这些假期是劳动者依法享受的权益，用人单位应视为正常出勤并支付全额工资。
- 任何以请假为由扣双倍工资的行为都是违法的。
三、公司规章制度与劳动合同的约定
- 如果劳动合同或公司规章制度中有关于请假扣款的特别规定，并且这些规定不违反相关法律法规，那么用人单位可以依据这些规定进行扣款。但即便如此，扣款金额也不应超出合理范围，即不得超过劳动者实际应扣的工资部分。
- 例如，若公司规章制度规定，员工请事假需扣除当天工资，但不得扣除双倍工资，则这一规定是合法的。若规定扣除双倍工资，则因违反法律法规而无效。
四、应对措施与建议
与用人单位协商：
- 如果劳动者认为自己的工资被不合理扣除，首先应尝试与用人单位进行友好协商，向其说明这种扣薪方式不符合法律规定，要求其纠正错误并补发多扣的工资。
申请劳动仲裁或投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向劳动行政部门投诉。在申请仲裁时，需要准备相关证据，如劳动合同、工资条、请假记录等，以证明工资被不合理扣除的事实。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将对案件进行全面审查，并根据法律规定作出判决。
寻求法律援助：
- 在必要时，劳动者还可以寻求法律援助，以获得专业的法律支持和帮助，通过法律途径解决争议。
总结：员工请假当天扣双倍工资在大多数情况下是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，合理制定工资支付和请假扣款制度，确保劳动者的合法权益得到保障。如果劳动者遇到此类情况，应了解自己的权利，并依法采取相应措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。