核心结论：土地互换有协议但未变更赔偿款，处理方式需根据协议的具体内容、履行情况以及相关法律规定来综合判断，以下分情况说明：

1. 协议合法有效且已实际履行

   • 如果土地互换协议是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方已经按照协议实际履行了土地交付等义务，那么该协议是合法有效的。在这种情况下，即使未办理土地变更登记手续，也不影响协议的效力。
   • 关于赔偿款的问题，如果协议中明确约定了赔偿款的支付条件、金额和时间等，那么一方未按照约定支付赔偿款，就构成了违约。另一方有权要求违约方按照协议约定支付赔偿款，并可以依法追究其违约责任，如要求支付违约金、赔偿损失等。

2. 协议存在瑕疵或未实际履行

   • 如果土地互换协议存在瑕疵，如双方意思表示不真实、协议内容违反法律或行政法规的强制性规定等，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，双方关于土地互换和赔偿款的约定也可能无效或可撤销。
   • 如果协议虽然签订，但双方并未实际履行土地交付等义务，那么协议可能尚未生效或处于未履行状态。此时，关于赔偿款的约定也可能无法直接适用。在这种情况下，双方可以协商解决赔偿款的问题，或者根据实际情况和法律规定，要求对方承担相应的责任。

3. 未办理土地变更登记手续的影响

   • 根据相关法律规定，土地互换应当办理土地变更登记手续。如果未办理变更登记手续，虽然不影响土地互换协议的效力，但可能影响土地权属的变更和对抗第三人的效力。
   • 在未办理土地变更登记手续的情况下，如果一方要求支付赔偿款，而另一方以土地权属未变更为由拒绝支付，那么双方可能需要先解决土地权属变更的问题。在土地权属变更问题解决后，再根据协议约定和法律规定处理赔偿款的问题。

建议：

• 首先，仔细审查土地互换协议的内容，确认协议的合法性和有效性，以及双方关于赔偿款的约定是否明确具体。
• 其次，根据协议的履行情况和相关法律规定，判断双方的权利义务关系，以及违约方应承担的责任。
• 最后，如果双方无法协商解决赔偿款的问题，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。在处理过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。