土地流转承包费原则上应支付给土地承包合同中载明的承包方，但在特定情形下可能涉及土地确权证上权利人的权益。具体分析如下：

1. 承包合同优先原则
   根据《农村土地承包法》第23条，承包合同自成立之日起生效，承包方自合同生效时取得土地承包经营权。因此，若承包合同明确约定了流转事项（如转包、出租等），且合同主体与实际经营主体一致，承包费应直接支付给合同载明的承包方。这是基于合同相对性原则，流转关系仅约束合同双方。

2. 确权证与合同不一致的特殊情形
   若土地确权证登记的权利人与承包合同主体不一致（如因继承、互换、转让等导致权属变更但未及时变更合同），需分情况处理：

   • 权属变更已依法完成：若权利人已通过合法程序（如村委会备案、县级政府变更登记）取得确权证，且原承包合同已终止或变更，承包费应支付给确权证权利人。
     
   • 权属变更未完成程序：若仅完成确权登记但未变更承包合同（如未签订流转合同或未报发包方备案），可能引发纠纷。此时需结合《民法典》第533条情势变更原则，由双方协商或通过诉讼解决权属与合同效力的冲突。

3. 实务操作建议

   • 流转前核查权属：受让方应要求转出方提供承包合同、确权证原件，并到村委会或农业农村部门核实权属状态。
     
   • 签订书面流转合同：明确约定流转方式（转包/出租/互换等）、期限、费用支付对象及违约责任，避免口头协议。
     
   • 及时办理变更登记：若涉及权属变更，应按《农村土地承包法》第35条要求，向发包方备案并申请变更确权证，确保物权与合同权一致。

风险提示：若未核实权属直接支付承包费，可能面临实际权利人追索的风险；若未签订书面合同，可能因证据不足导致权益受损。建议根据具体案情，结合当地政策（如《关于引导农村土地经营权有序流转发展农业适度规模经营的意见》）进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询土地流转合规性问题。