当您发现借款协议（借条）上的金额与实际收到的钱数不符时，这确实是一个需要细致处理且涉及法律知识的问题。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、首先，明确差异原因
核对计算与笔误：
- 仔细检查借款协议上的金额书写是否准确，包括大小写是否一致，是否存在漏写零、小数点位置错误等低级失误。
- 如果发现是明显的笔误，且双方对真实金额无争议，那么可以考虑签订一份补充协议来修正这个错误，明确正确的金额以及修正的原因。
确认利息或费用：
- 如果借款协议上未明确约定利息，但实际存在口头约定，那么您需要收集聊天记录、通话录音等证据来佐证这一点。
- 对于手续费等其他费用，您也需要提供书面凭证来证明其合法性及必要性。
检查还款记录：
- 核查借款人是否已经有还款记录，但这些还款并未在借款协议中扣减。如果是这样，您需要要求借款人提供转账凭证或收据作为证据。
警惕恶意篡改或欺诈：
- 如果您怀疑借款协议被伪造或篡改，那么可以通过司法鉴定来确认字迹、印章的真实性。在必要时，您还可以报警处理。
二、尝试双方协商解决
- 一旦发现金额不符，及时与对方沟通是解决问题的第一步。您可以以书面或口头形式与对方联系，坦诚地说明情况，并共同回忆借款的细节，以核实差异的原因。
- 协商的目标是争取就实际借款金额达成一致，并形成书面的补充协议来修正借款协议。
三、准备证据并通过法律途径解决
收集证据：
- 如果协商无果，那么您需要收集充分的证据来证明实际的借款金额。这些证据可以包括转账记录（银行转账、微信转账、支付宝转账等）、聊天记录或通话录音（关于借款金额、交付方式等关键内容的沟通记录）、证人证言（借款时有第三方在场见证的，该证人可以提供关于借款金额、交付过程等的证言）等。
- 证据应真实、合法、有效，且能够相互印证，形成完整的证据链。
法律途径：
- 申请笔迹鉴定：如果对借款协议的真实性或某些内容的书写时间、书写人等存在疑问，您可以向法院申请笔迹鉴定，为法院认定事实提供科学依据。
- 提起诉讼：如果双方争议较大，无法自行协商解决，那么您可以向有管辖权的人民法院提起民间借贷诉讼。在诉讼过程中，您需要提交收集到的各类证据，法院将依据相关法律法规进行综合判断并作出裁决。
四、未来防范措施
- 在未来的借贷交易中，您应更加谨慎，确保所有文件都准确无误地反映了双方的约定。
- 建议您在签订借款协议时，双方共同核对金额、利息、还款期限等关键信息，并保留好相关证据（如转账记录、聊天记录等）。
- 定期核对账目，建立还款台账，每次还款后更新余额并由双方确认，以避免类似问题的再次发生。
总之，处理借款协议与实际收到钱数不符的问题时，沟通是关键。双方应保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。同时，也要注重证据的收集和保存，以确保在必要时能够有力地支持自己的主张。