结论：农村房子有营业执照，在一定条件下可以登记成门面，是合法的，但需要满足多方面要求。以下为你详细分析：
- 土地性质方面
- 农村的房子通常建设在集体建设用地或者宅基地上。如果房子所在的土地性质是集体建设用地中的商业用地，那么从土地用途角度，本身就具备用于商业经营的条件，在有营业执照的情况下，登记成门面是符合土地规划用途的，是合法的。
- 若是宅基地，根据相关法律规定，宅基地主要是用于保障农民的居住需求。不过，在符合“一户一宅”等规定，且经过当地政府相关部门批准，将宅基地上的房屋改变用途用于商业经营，并取得营业执照后，也可以登记成门面。例如一些农村地区，利用自家宅基地房屋开办小超市、小餐馆等，在履行了相应审批手续后就是合法的。
- 规划许可方面
- 即使土地性质允许商业经营，还需要看是否符合当地的城乡规划。如果农村所在区域有详细的城乡规划，房子要登记成门面，必须取得规划部门的许可。比如，当地规划将某片农村区域定位为商业发展区域，那么在该区域内符合规划要求的房子，有营业执照就可以登记成门面。
- 反之，如果房子所在位置不符合当地城乡规划中对于商业网点的布局要求，即使有营业执照，也不能随意登记成门面，否则可能面临规划部门的处罚，包括责令限期改正、罚款等。
- 房屋安全方面
- 用于商业经营的门面房，需要保证房屋结构安全，符合相关的建筑安全标准。如果农村房子存在结构安全隐患，比如年久失修、私自改建导致结构不稳定等情况，即使有营业执照，也不能登记成门面。需要先对房屋进行安全鉴定，必要时进行加固改造，确保房屋安全后，才具备登记成门面的基本条件。
如果农村房子满足上述土地性质、规划许可和房屋安全等方面的要求，有营业执照就可以合法登记成门面。在实际操作过程中，建议你先向当地的乡镇政府、自然资源部门、规划部门以及市场监管部门等相关机构咨询具体的政策和办理流程，确保整个登记过程合法合规。要是你在这个过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。