结论：结婚证上盖章写“此证无效”是否还算合法夫妻，需根据具体情况判断，可能意味着婚姻关系已终结，也可能只是旧证失效而婚姻关系依然存续。
详细分析：
婚姻关系正式终结的情况：
- 离婚登记完成或离婚判决生效：若双方已完成离婚登记手续，或离婚判决书、调解书已生效，婚姻关系即告解除。此时，结婚证上加盖“失效”章，标志着夫妻关系正式终结，双方不再是合法夫妻。
- 婚姻被宣告无效或撤销：若存在重婚、有禁止结婚的亲属关系、未到法定婚龄等情形，婚姻将被宣告无效；若因胁迫结婚或一方隐瞒重大疾病，受胁迫方或另一方有权请求法院撤销婚姻。在这些情况下，婚姻登记机关会在原结婚证上加盖“失效”印章，表明婚姻自始无效，双方从未具有合法夫妻的权利和义务。
婚姻关系依然存续的情况：
- 因结婚证遗失、损坏补发新证：若结婚证因遗失或损坏而需要补领新的，婚姻登记机关会对旧的结婚证加盖“失效”章。但这并不意味着婚姻关系终止，而是旧证的法律效力被新证所取代。此时，双方的婚姻关系依然存续，仍然是合法夫妻，新的结婚证将作为他们婚姻合法的证明。
后续处理与建议：
- 当结婚证被加盖“失效”章后，如果双方希望恢复夫妻关系（在离婚或婚姻被宣告无效/撤销后），需要按照法律规定重新办理结婚登记手续。
- 鉴于具体情况可能因地区和具体法律规定而有所不同，在处理此类问题时，建议仔细核对结婚证上加盖“失效”章的具体原因，并咨询当地婚姻登记机关或我（田自能律师，专注于婚姻家庭领域），以获取最准确和权威的法律意见。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一千零八十条：完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。
- 《中华人民共和国民法典》第一千零五十一条：有下列情形之一的，婚姻无效：（一）重婚；（二）有禁止结婚的亲属关系；（三）未到法定婚龄。
- 《中华人民共和国民法典》第一千零五十二条：因胁迫结婚的，受胁迫的一方可以向人民法院请求撤销婚姻。请求撤销婚姻的，应当自胁迫行为终止之日起一年内提出。被非法限制人身自由的当事人请求撤销婚姻的，应当自恢复人身自由之日起一年内提出。
- 《中华人民共和国民法典》第一千零五十三条：一方患有重大疾病的，应当在结婚登记前如实告知另一方；不如实告知的，另一方可以向人民法院请求撤销婚姻。请求撤销婚姻的，应当自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内提出。
在处理相关事务时，务必确保自身权益得到妥善保护，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。