在刑事诉讼中，当存在“有证据证明有犯罪事实”的情况时，我国刑事诉讼法及相关司法解释规定了相应的处理方式和程序。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据与核心原则
“有证据证明有犯罪事实”是刑事诉讼中的一项核心原则，它贯穿于立案、逮捕、起诉和审判等各个阶段。这一原则要求司法机关在处理刑事案件时，必须确保有足够的证据来支持对犯罪嫌疑人的指控，从而保障司法公正和公民权益。
二、各阶段的具体处理方式
立案阶段：
- 根据《刑事诉讼法》第112条，公安机关、人民检察院或人民法院在收到报案、控告、举报等材料后，应迅速进行审查。
- 若认为有犯罪事实且需要追究刑事责任，则予以立案；若认为无犯罪事实或犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，则不予立案。
- 在此阶段，“有证据证明有犯罪事实”仅要求初步证据，如报案陈述、现场勘查痕迹等。
逮捕阶段：
- 根据《刑事诉讼法》第81条，对有证据证明实施了犯罪行为且可能判处徒刑以上刑罚的犯罪嫌疑人，如果取保候审不足以防止发生社会危险性，应当予以逮捕。
- 此阶段的“有证据证明”需要能够证明犯罪行为的基本要素，如贪污案中的账目记录、证人证言等，以形成对犯罪嫌疑人的初步指控。
起诉阶段：
- 依据《刑事诉讼法》第176条，人民检察院在犯罪事实已经查清，证据确实、充分的情况下，应当向人民法院提起公诉。
- 此阶段要求证据达到“确实、充分”的标准，即证据必须真实可靠，能够相互印证，形成完整的证据链，以支持对犯罪嫌疑人的指控。
审判阶段：
- 根据《刑事诉讼法》第200条，人民法院在审理后，应当根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，作出有罪或者无罪的判决。
- 在此阶段，法院同样要求证据“确实、充分”，并排除一切合理怀疑，以确保判决的公正性和合法性。
三、综合考量因素
在处理“有证据证明有犯罪事实”的案件时，司法机关还会综合考虑以下因素：
- 证据的充分性：确保检察机关提供的证据能够形成完整的证明体系，排除一切合理怀疑。
- 犯罪事实的清晰度：检察机关需清晰阐述犯罪的关键要素，包括时间、地点、手段等，以便法院准确认定犯罪事实。
- 依法判决：法院依据法律规定，结合犯罪事实与证据，作出有罪或无罪判决，并决定刑罚种类与量刑幅度。
- 法定情节的考虑：即使证据确凿，法院也会考虑被告人的自首、立功等法定从轻、减轻或免除处罚的情节，以确保判决的公正性和合理性。
四、总结与强调
“有证据证明有犯罪事实”是刑事诉讼中的一项重要原则，它要求司法机关在处理刑事案件时，必须确保有足够的证据来支持对犯罪嫌疑人的指控。在刑事诉讼的各个阶段，司法机关都会根据这一原则进行相应的处理，并综合考虑证据的充分性、犯罪事实的清晰度以及法律规定的各种因素，以确保判决的公正性和合法性。因此，对于“有证据证明有犯罪事实”的案件，司法机关会采取一系列严谨、细致的处理方式，以维护司法公正和公民权益。