您发现下属在工程中贪污款项，可以向公安机关进行告发，这是针对此类犯罪行为的主要举报途径。以下是从不同角度为您详细分析：

一、法律定性

下属贪污工程款项的行为，很可能构成贪污罪或职务侵占罪，具体取决于其身份和贪污款项的性质。

1. 贪污罪：如果下属是国家工作人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，构成贪污罪。

2. 职务侵占罪：如果下属不是国家工作人员，而是公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。

二、举报途径

1. 向公安机关举报：

   • 您可以携带相关证据，如财务记录、合同文件、转账记录、证人证言等，前往当地公安机关的经济犯罪侦查部门或者刑警队进行举报。
   • 公安机关在接到举报后，会进行初步调查，如果认为有犯罪事实发生，且需要追究刑事责任，会立案侦查。

2. 向单位内部举报：

   • 如果您的单位有设立内部审计部门或者纪检监察部门，您也可以向这些部门进行举报。
   • 单位内部举报可以促使单位及时采取措施，防止损失扩大，并可能协助公安机关进行调查。

三、举报后的处理流程

1. 公安机关立案侦查：

   • 公安机关在立案后，会展开全面的侦查工作，包括收集证据、询问嫌疑人、证人等。
   • 如果证据充分，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。

2. 检察机关审查起诉：

   • 检察机关在收到公安机关移送的案件后，会进行审查，如果认为犯罪事实清楚，证据确实充分，会向法院提起公诉。

3. 法院审判：

   • 法院在收到检察机关的公诉后，会进行开庭审理，并根据事实和法律作出判决。

四、举报时的注意事项

1. 保护自身安全：

   • 在举报过程中，您需要注意保护自身安全，避免受到报复或威胁。
   • 如果感到不安全，可以向公安机关请求保护。

2. 提供充分证据：

   • 举报时，您需要提供充分的证据来支持您的指控，以便公安机关能够顺利展开调查。
   • 证据可以包括书面材料、电子数据、证人证言等。

3. 配合调查工作：

   • 在公安机关进行调查时，您需要积极配合，提供必要的协助和信息。

五、法律后果

如果下属被认定构成贪污罪或职务侵占罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、无期徒刑甚至死刑（对于贪污罪数额特别巨大且情节特别严重的情形）。同时，其非法所得的财物也将被追缴或责令退赔。

建议您在发现下属贪污款项后，尽快收集相关证据，并向公安机关进行举报。如果您在举报过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。