拆迁人与被拆迁人签订协议合法有效，确实是发放补偿款的依据，但前提是该拆迁人必须具备合法的签订主体资格。以下是对此问题的详细分析：

一、合法签订主体的要求

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，房屋征收补偿协议的合法签订主体应为房屋征收部门与被征收人。房屋征收部门通常由市、县级人民政府确定，具体负责组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。这意味着，只有房屋征收部门或其合法委托的单位（且该单位需以非营利为目的，并在房屋征收部门的严格监督之下）才有权与被征收人签订拆迁补偿协议。

二、协议合法有效的条件

拆迁补偿安置协议作为民事法律行为的一种，其合法有效需满足以下条件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：即签订协议的双方（房屋征收部门与被征收人）均需具备签订合同的民事行为能力。
2. 意思表示真实：协议内容应是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容需符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。

三、协议合法有效与发放补偿款的关系

1. 协议合法有效是发放补偿款的前提：只有签订了合法有效的拆迁补偿协议，房屋征收部门才有义务按照协议约定向被征收人发放补偿款。
2. 协议内容需明确补偿款相关事项：协议中应明确包括补偿方式、补偿金额和支付期限等关键事项。这些内容的明确约定，有助于确保被征收人的合法权益得到充分保障，也是发放补偿款的具体依据。

四、特殊情况下的处理

1. 协议存在瑕疵或违法情形：如果拆迁补偿安置协议存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形，或者违反法律、行政法规的强制性规定，当事人可以请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议。但撤销权应在法定期间内行使。
2. 未达成协议的处理：如果房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照相关规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

五、法律建议

1. 核实签订主体资格：在签订拆迁补偿协议前，被征收人应核实签订主体的资格，确保其是房屋征收部门或其合法委托的单位。
2. 仔细审查协议内容：被征收人应仔细审查协议内容，确保协议中明确约定了补偿方式、补偿金额和支付期限等关键事项。
3. 及时寻求法律帮助：如果被征收人对协议内容有疑问或遇到纠纷，应及时寻求法律帮助，以维护自身合法权益。

总结来说，拆迁人与被拆迁人签订协议合法有效是发放补偿款的依据，但前提是该拆迁人必须具备合法的签订主体资格，且协议内容需满足合法有效的条件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。