结论：租的锂电池被盗导致自动扣款，是否可以起诉需分情况讨论，主要取决于租赁合同的具体约定、被盗的责任归属以及自动扣款的合法性等因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、从租赁合同的角度分析
合同约定：
- 首先，需要仔细审查租赁合同中关于物品保管、丢失责任以及租金支付方式的条款。如果合同中明确规定了锂电池被盗的责任归属，以及在此情况下是否应继续支付租金或扣款，那么应按照合同约定执行。
- 若合同中未明确约定，则需根据《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的相关规定，以及公平、诚实信用等原则来推断双方的权利义务。
责任归属：
- 如果锂电池被盗是由于出租方的保管不善或未尽到安全保障义务导致的，那么出租方应承担相应的责任，包括可能免除或减少您的租金支付义务。
- 如果锂电池被盗是由于您自身的过失或故意行为导致的，那么您可能需要承担全部或部分责任，包括继续支付租金或赔偿出租方的损失。
二、从自动扣款的角度分析
扣款合法性：
- 自动扣款是否合法，主要取决于您是否授权了出租方进行自动扣款，以及扣款是否符合合同约定和法律规定。
- 如果您未授权自动扣款，或者出租方在未经您同意的情况下擅自扣款，那么这种扣款行为可能是违法的，您有权要求出租方返还被扣款项，并可能追究其法律责任。
扣款与被盗的关联性：
- 如果自动扣款是因为锂电池被盗而触发的，且这种扣款方式在合同中有明确约定，且您已授权，那么需要进一步分析扣款是否合理。
- 如果扣款金额与锂电池的价值、剩余租赁期限等因素相匹配，且符合合同约定和公平原则，那么这种扣款可能是合理的。
- 如果扣款金额明显过高或不合理，或者出租方无法证明扣款与锂电池被盗之间的直接关联性，那么您有权对扣款提出异议，并可能通过法律途径解决争议。
三、法律建议
与出租方协商：
- 在采取法律行动之前，建议您首先与出租方进行协商，尝试通过友好方式解决争议。您可以提出自己的诉求和理由，并听取出租方的意见和解释。
收集证据：
- 如果协商无果，您需要开始收集相关证据，包括租赁合同、锂电池被盗的报警记录、自动扣款的记录等。这些证据将有助于您在法律程序中证明自己的权益和主张。
寻求法律帮助：
- 如果争议无法通过协商解决，且您认为自己的权益受到了侵害，那么您可以考虑寻求法律帮助。您可以咨询专业律师（比如我），了解具体的法律程序和维权策略，并根据律师的建议采取相应的法律行动。
后续思考依据：在处理此类纠纷时，关键在于明确租赁合同中的条款约定、责任归属以及自动扣款的合法性。因此，在签订租赁合同时，建议您务必仔细阅读合同条款，并明确双方的权利义务。在发生争议时，及时收集证据并寻求法律帮助是维护自己权益的有效途径。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。