结论：社会团体公章若被秘书长持有，法人不能仅凭单方面声明就使公章作废。公章的作废或更换通常需要遵循一定的程序和规定，包括但不限于内部决策程序、公告或备案等。
分析说明：
公章的法律意义：
- 公章是社会团体对外表示其意志、进行法律行为的重要工具，具有法律效力。因此，公章的管理和使用必须严格遵循相关法律法规和社会团体的章程。
法人声明作废的效力：
- 法人作为社会团体的法律代表，虽然有权代表社会团体进行法律行为，但并不能单方面决定公章的作废。公章的作废或更换通常需要经过社会团体的内部决策程序，如理事会或会员大会的决议，并可能需要向相关部门进行公告或备案。
秘书长持有公章的情况：
- 如果秘书长持有公章，但并未按照社会团体的章程或相关法律法规的规定使用，法人可以采取措施要求秘书长归还公章，并可能追究其法律责任。然而，这并不意味着法人可以单方面声明公章作废。
公章作废或更换的程序：
- 通常，社会团体在需要作废或更换公章时，会召开理事会或会员大会进行决议，并明确作废或更换的原因、时间、方式等。决议通过后，社会团体会向相关部门进行公告或备案，并按照规定的程序销毁旧公章、刻制新公章。
法律建议：
- 如果法人发现秘书长非法持有或使用公章，应首先与社会团体内部的其他成员（如理事会成员）沟通，共同商讨解决方案。
- 如果内部沟通无果，法人可以考虑向相关部门（如民政部门）投诉或举报，寻求外部支持。
- 在处理公章问题时，务必遵循社会团体的章程和相关法律法规的规定，确保程序的合法性和有效性。
后续行动：
- 法人应尽快与社会团体的其他成员沟通，了解公章被秘书长持有的具体情况，并共同商讨解决方案。
- 如果需要，法人可以寻求专业律师的帮助，以确保在处理公章问题时的合法性和有效性。
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