核心结论：针对社会团体法人证和公章未签承诺书而被秘书私自保管的情况，应立即采取措施纠正，并视情节轻重追究相关人员责任，同时完善内部管理制度以防止类似事件再次发生。以下是具体分析和建议：

1. 立即纠正保管状态：

   • 社会团体法人证和公章是社会团体的重要法律文件和工具，其保管应遵循严格的制度和程序。秘书私自保管这些物品，违反了社会团体内部的管理规定，也可能引发法律风险。
   • 因此，应立即要求秘书交还法人证和公章，并由合法授权的人员（如法定代表人或其指定的人员）进行保管。

2. 调查原因并追究责任：

   • 调查秘书私自保管法人证和公章的原因，是否存在故意隐瞒、滥用职权或其他不当行为。
   • 根据调查结果，视情节轻重对秘书进行纪律处分，如警告、记过、解聘等。若其行为构成违法，如盗窃、伪造公文等，应依法追究其法律责任。

3. 完善内部管理制度：

   • 制定或完善社会团体关于法人证和公章保管、使用的内部管理制度，明确保管责任、使用程序和监督机制。
   • 加强对秘书等关键岗位人员的培训和教育，提高其法律意识和职业道德水平，防止类似事件再次发生。

4. 法律风险防范：

   • 评估秘书私自保管法人证和公章可能带来的法律风险，如被用于非法活动、签订无效合同等。
   • 若发现法人证或公章被滥用，应立即采取措施制止，并报警或寻求法律援助，以维护社会团体的合法权益。

行动建议：

• 立即与秘书沟通，要求其交还法人证和公章。
• 成立调查小组，对事件进行全面调查。
• 根据调查结果，对秘书进行相应处理，并完善内部管理制度。
• 如有必要，寻求法律援助，以应对可能出现的法律风险。

在处理此类事件时，务必保持冷静和理性，遵循法律程序和社会团体内部的管理规定，以确保事件的妥善解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。