结论：若您已经赔付了5000元，但事后觉得不甘心，这主要取决于事故责任认定、赔偿合理性以及是否存在可撤销或变更赔偿协议的情形。以下从几个关键角度为您分析：
一、事故责任认定与赔偿合理性
责任认定：
- 首先，需要回顾交通事故的责任认定书。这份文件是确定事故责任比例的关键依据。如果您被认定为全责或主要责任，那么根据法律规定，您确实需要承担相应的赔偿责任。
- 如果您对责任认定有异议，可以在规定时间内向交警部门提出复核申请，或者通过法律途径寻求救济。但请注意，一旦责任认定书生效，其法律效力是较强的。
赔偿合理性：
- 赔偿金额是否合理，主要取决于对方的实际损失以及您的责任比例。如果5000元是双方协商一致的结果，且该金额在合理范围内（即能够覆盖对方的车辆维修费用、可能的误工费等），那么您的赔付行为是合法的。
- 如果您认为赔偿金额过高，或者对方存在欺诈、虚报损失等行为，您可以收集相关证据，如维修发票、报价单、证人证言等，以证明对方的损失并不如其所言。
二、赔偿协议的撤销与变更
可撤销情形：
- 如果您在签订赔偿协议时存在重大误解、显失公平或受到欺诈、胁迫等情形，根据《民法典》的相关规定，您有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
- 例如，如果您在事故发生后因情绪紧张或对方施压而匆忙签订赔偿协议，且事后发现赔偿金额远高于实际损失，这可能构成重大误解或显失公平。
变更情形：
- 如果双方在签订赔偿协议后，因新情况的出现（如对方车辆维修费用远高于预期）导致原协议无法履行或显失公平，双方可以协商变更协议内容。
- 如果协商不成，您也可以考虑通过法律途径寻求变更或解除协议。但请注意，这需要充分的证据支持您的主张。
三、实际操作建议
收集证据：
- 无论您选择哪种途径来解决问题，收集证据都是关键。这包括事故现场照片、责任认定书、维修发票、报价单、证人证言等。
- 这些证据将有助于您证明自己的主张，并在必要时作为法律诉讼的依据。
咨询专业意见：
- 在处理此类纠纷时，咨询专业律师的意见是非常重要的。我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议，并帮助您制定合适的解决方案。
考虑和解与诉讼：
- 如果双方能够就赔偿问题达成一致意见，和解是最快捷、最经济的解决方式。
- 如果和解无望，您也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。但请注意，诉讼过程可能较为漫长且成本较高，因此需要谨慎考虑。
最后，我理解您在赔付后可能感到不甘心，但请务必保持冷静和理性。在处理此类纠纷时，法律程序和证据收集都是至关重要的。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。