核心结论：流转土地性质被改变的赔偿问题，需根据土地性质改变的具体情形、流转合同约定以及相关法律规定综合判断，以下分情况说明：

1. 若土地性质改变违反法律规定
   根据《土地管理法》第七十四条、第七十五条，未经批准擅自改变土地用途（如将耕地转为建设用地）属于违法行为。此时：

   • 行政责任：土地管理部门可责令限期改正、没收违法所得，并处罚款（如耕地开垦费的2-5倍）；
     
   • 民事赔偿：流转合同可能因违法而无效，出让方需返还已收取的流转费用，并赔偿对方因合同无效导致的直接损失（如土地改良投入、预期收益损失等）；
     
   • 刑事责任：若涉及非法占用农用地罪（如占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能面临五年以下有期徒刑或拘役。

2. 若土地性质改变经合法审批
   若改变用途已通过规划调整、农用地转用审批等法定程序（如将集体建设用地转为工业用地），则需按以下步骤处理：

   • 合同效力：流转合同若明确约定用途变更条款，按约定执行；未约定的，需双方协商补充协议；
     
   • 补偿标准：
     
     • 出让方：有权要求受让方按新用途的市场价值补缴土地流转费用差额；
       
     • 受让方：若因用途变更产生额外投入（如建设厂房），可要求出让方按实际损失补偿；
       
     • 政府征收情形：若土地被政府征收，补偿标准按《土地管理法》第四十八条执行，包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物补偿等。

3. 若流转合同明确约定用途及违约责任
   若合同中已载明土地用途（如“仅用于农业种植”）及违约条款（如“擅自改变用途需支付违约金”），则：

   • 违约方：需按合同约定支付违约金，违约金不足以覆盖损失的，守约方可主张实际损失赔偿；
     
   • 合同解除权：守约方有权要求解除合同，并要求违约方恢复土地原状或赔偿恢复费用。

建议行动：

1. 立即固定证据：收集土地流转合同、用途变更审批文件、现场照片、沟通记录等；
   
2. 协商解决：优先与对方沟通，明确责任归属及赔偿方案；
   
3. 行政投诉：若涉及违法用地，向当地自然资源部门举报；
   
4. 诉讼/仲裁：协商无果时，根据合同约定向法院起诉或申请仲裁。
   

提示：土地性质变更涉及行政审批、合同效力、损害赔偿等多重法律关系，具体方案需结合案件细节设计。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。