在非法集资案件中，职工借款的处理需结合借款性质、资金用途、职工知情程度等多方面因素综合判断，以下是具体分析：

1. 区分借款性质

   • 合法民间借贷：若职工借款行为符合《民法典》中关于民间借贷的规定（如双方自愿、利率合法、资金用途正当），且职工对单位非法集资行为不知情，则借款合同有效，职工可通过民事诉讼主张还款。
     
   • 非法集资参与：若职工明知单位从事非法集资仍提供借款，或借款行为本身属于非法集资的一部分（如以高息为诱饵吸收资金），则借款可能被认定为非法集资款项，需依法追缴。

2. 职工知情程度的认定

   • 不知情职工：若职工能证明对单位非法集资行为完全不知情（如未参与集资宣传、未获取高额利息、借款用途合法），则其借款受法律保护，可要求单位偿还本金及合法利息。
     
   • 知情或应知情职工：若职工明知或应知单位非法集资（如参与集资活动、获取明显高于市场利率的回报），则其借款可能被认定为非法集资参与款，需配合调查并退还非法所得。

3. 资金用途的审查

   • 用于单位经营：若借款用于单位合法经营（如支付工资、采购原材料），且职工不知情，则借款可能被认定为合法债务，职工可主张还款。
     
   • 用于非法集资：若借款直接用于非法集资活动（如返还前期集资款、支付高额利息），则职工借款可能被认定为非法集资款项，需依法追缴。

4. 处理流程建议

   • 收集证据：职工应保留借款合同、转账记录、利息支付凭证等证据，以证明借款性质及自身知情程度。
     
   • 配合调查：若案件进入刑事程序，职工需配合公安机关调查，如实说明借款情况。
     
   • 主张权利：若借款被认定为合法债务，职工可通过民事诉讼或刑事附带民事诉讼主张还款；若被认定为非法集资款项，职工需根据调查结果退还非法所得，但可依法主张合法财产权益。

温馨提示：非法集资案件处理复杂，建议职工根据自身情况及时咨询专业律师，制定针对性应对方案。如有进一步疑问，可直接向我提问。