核心结论：车祸中保险公司赔偿的医药费通常是从最终赔偿款中扣除的，但具体处理方式需结合保险合同条款、事故责任认定及赔偿流程综合判断。以下是详细分析：

1. 保险赔偿的基本逻辑：医药费属于赔偿范围

根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及商业险条款，交通事故中的人身损害赔偿（包括医药费、误工费、护理费等）通常由保险公司在责任限额内承担。若您无责或部分责任，对方保险公司应赔偿您的医药费；若您全责，则由您投保的车险（如交强险、第三者责任险）赔偿对方医药费，您的自身医药费需通过车上人员责任险（座位险）或自身医保报销。

2. 住院期间医药费的支付方式

• 责任方垫付：若对方全责，其保险公司可能直接垫付医药费（需提供发票、病历等材料），后续从总赔偿中扣除；若对方未垫付，您可自行支付后保留票据，后续通过诉讼或协商要求赔偿。
• 自行支付后报销：若您使用医保或自有资金支付医药费，需保留完整票据（如住院费清单、发票、诊断证明），后续向保险公司或责任方索赔时作为凭证。
• 保险公司直接结算：部分保险公司与医院有合作，可直接结算医药费，但需提前确认保险合同是否包含此服务。

3. 关键注意事项

• 责任认定：医药费赔偿的前提是明确事故责任。若对责任划分有争议，需及时报警并由交警出具《事故责任认定书》。
• 保险合同条款：商业险可能对医药费赔偿范围（如自费药、进口器材）设限，需仔细阅读合同或咨询保险公司。
• 时效性：向保险公司索赔需在事故发生后2年内提出（民法典规定诉讼时效为3年，但保险合同可能约定更短期限）。
• 证据保留：务必保存所有医药费票据、病历、用药清单等，避免丢失导致无法索赔。

4. 特殊情况处理

• 对方拒赔：若责任方或其保险公司拒绝赔偿，可向当地银保监会投诉或直接起诉，要求赔偿医药费及其他损失。
• 医保报销冲突：若医药费已通过医保报销，部分商业险可能要求扣除医保已报部分，需以合同约定为准。
• 超出保险限额：若医药费超过交强险或商业险的赔偿限额，超出部分需由责任方个人承担。

建议行动：

1. 立即联系保险公司报案，并确认赔偿流程；
   
2. 保留所有医药费相关证据；
   
3. 若对责任认定或赔偿金额有异议，及时咨询律师或通过法律途径解决。
   

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