结论：公司同时签订上下游合同，印花税的缴纳需根据合同类型和金额分别计算，具体缴纳方式如下：

1. 合同类型决定税率
   印花税的缴纳首先取决于合同性质。例如：

   • 购销合同（包括供应、预购、采购等合同）：按购销金额的0.03%贴花；
   • 加工承揽合同：按加工或承揽收入的0.05%贴花；
   • 借款合同：按借款金额的0.005%贴花；
   • 财产租赁合同：按租赁金额的0.1%贴花。
     若上下游合同属于同一类型（如均为购销合同），则按总金额的对应税率计算；若类型不同，需分别按各自税率计算。

2. 合同金额是计算基数
   印花税以合同中记载的金额为计税依据，不包括增值税。例如：

   • 上游合同金额为100万元（不含税），下游合同金额为150万元（不含税），若均为购销合同，则应纳税额为：
     (100万 + 150万) × 0.03% = 750元；
   • 若上游为加工承揽合同（金额100万）、下游为购销合同（金额150万），则应纳税额为：
     100万 × 0.05% + 150万 × 0.03% = 500元 + 450元 = 950元。

3. 纳税义务发生时间
   印花税在合同签订时缴纳，而非实际履行时。若合同分批次签订或金额分阶段确认，需按每次签订的金额分别贴花。例如：

   • 公司与上游供应商分3次签订采购合同，每次金额分别为30万、40万、30万，则每次签订时均需按当次金额计算印花税；
   • 若合同签订后金额变更，需对增加部分补缴印花税。

4. 特殊情形处理

   • 框架合同：若签订的是框架协议（未明确具体金额），可先按5元贴花，待实际执行时按结算金额补缴；
   • 电子合同：与纸质合同同等纳税，需自行计算税额并粘贴印花税票或通过电子税务局申报；
   • 境外合同：若合同在境外签订但境内使用，也需缴纳印花税。

建议：

1. 梳理上下游合同类型及金额，分类计算税额；
   
2. 留存合同原件或复印件作为纳税凭证，避免漏缴或重复缴纳；
   
3. 若合同涉及多税目（如既包含购销又包含借款），需拆分金额分别计税；
   
4. 定期自查印花税缴纳情况，避免因漏缴产生滞纳金或罚款。
   

如有具体合同或金额细节，可进一步提供信息，我会帮您精准计算税额。