工程总承包变更金额超过400万元时，通常需要履行以下手续，具体需结合项目性质、合同约定及法律法规要求综合判断：

1. 内部审批程序
   根据《中华人民共和国招标投标法》及《政府投资条例》等规定，若项目属于政府投资或必须招标范围，变更金额超过原合同价10%（或地方规定比例，如部分地区要求15%）时，需重新履行招标程序或报原审批部门批准。

   • 操作要点：
     
     • 核对合同中关于变更的条款（如变更触发条件、审批权限等）；
       
     • 若合同未明确约定，需根据企业内控制度（如国企需经“三重一大”决策程序）完成内部审批；
       
     • 保留变更原因说明、造价对比分析等书面材料。

2. 合同变更协议签署
   根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同。变更金额超400万元时，建议签订书面补充协议，明确变更内容、价款调整、工期顺延等条款。

   • 风险提示：
     
     • 避免仅通过会议纪要、工作联系单等形式替代正式协议，否则可能因证据不足引发纠纷；
       
     • 若变更涉及设计、施工范围重大调整，需同步修订技术文件并由双方确认。

3. 资金与预算调整

   • 政府投资项目：需向财政部门申请调整预算，并报发改委等部门备案；
     
   • 企业投资项目：需根据内部财务管理制度，完成预算追加或资金调拨审批。
     
   • 关键证据：变更前后预算对比表、资金使用计划、付款凭证等。

4. 备案与公示（如需）

   • 若项目涉及公共利益（如市政工程），可能需在公共资源交易平台公示变更信息；
     
   • 部分地区要求将重大变更报住建部门备案，具体以地方性法规为准。

5. 税务与发票处理
   变更部分价款需按合同约定税率开具发票，若变更导致税率变化（如从9%降至3%），需提前与税务机关沟通并调整合同条款。

特殊情形提示：

• 若变更系因发包人原因导致（如设计错误、指令变更），承包人可依据《民法典》第八百零三条主张工期顺延及费用补偿；
  
• 若变更涉及安全隐患或质量标准调整，需经原设计单位或安全评估机构出具书面意见。

建议行动步骤：

1. 立即暂停变更部分施工，待手续完备后再行实施；
   
2. 整理变更前后的全套资料（包括会议纪要、造价文件、审批记录等）；
   
3. 根据项目性质选择适用流程（政府投资/企业投资/EPC项目等）。
   

如有具体合同条款或地方政策需要进一步分析，可直接向我提供详细信息，我将结合项目所在地法规为您定制解决方案。