尽职调查保证金的退还主要取决于保证金协议的具体约定以及尽职调查的完成情况，以下分情况说明：
若尽职调查顺利完成且无违约情形：
- 在这种情况下，保证金通常会按照协议的约定全额退还。一般来说，尽职调查完成后，如果受让方（即支付保证金的一方）没有违反协议中的任何条款，如未按时完成尽职调查、未泄露商业秘密等，那么转让方（即接收保证金的一方）应当在尽职调查结束后的一定期限内，将保证金无息退还给受让方。这个期限通常会在保证金协议中明确约定，如果没有约定，则可能需要根据相关法律法规或行业惯例来确定。
若尽职调查未完成或存在违约情形：
- 如果尽职调查因受让方的原因未能按时完成，或者受让方在尽职调查过程中违反了协议中的条款，如泄露了商业秘密、未按照约定方式使用调查资料等，那么转让方有权根据协议的约定扣除部分或全部保证金作为违约金。在这种情况下，保证金的退还金额将取决于违约的严重程度以及协议中的具体约定。
- 另外，如果尽职调查未完成是因为转让方的原因，如提供的资料不真实、不完整等，导致受让方无法继续进行尽职调查，那么受让方有权要求转让方退还全部保证金，并可能要求转让方承担因此造成的损失。
保证金退还的流程：
- 无论哪种情况，保证金的退还通常都需要遵循一定的流程。一般来说，受让方需要向转让方提交保证金退还申请，并提供相关的证明材料，如尽职调查报告、无违约证明等。转让方在收到申请后，会进行审核，并根据审核结果决定是否退还保证金以及退还的金额。如果双方对保证金的退还存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
建议：
- 在签订保证金协议时，务必仔细阅读协议条款，特别是关于保证金退还的部分，确保自己的权益得到充分保障。
- 在尽职调查过程中，严格遵守协议中的各项条款，避免违约行为的发生。
- 如果遇到保证金退还问题，首先尝试与转让方进行协商解决；如果协商无果，可以考虑寻求法律援助或通过法律途径解决争议。
如有更多细节或特殊情况，欢迎继续向我咨询，我会结合具体情况为你详细分析。