在农村建设用地上违建厂房，主要由乡镇人民政府和县级以上人民政府自然资源主管部门进行监管。以下从不同角度详细分析：

一、核心监管部门及职责

1. 乡镇人民政府

   • 直接管理责任：作为基层政府，乡镇人民政府对辖区内的违法建设行为负有日常巡查、制止和拆除的直接责任。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
   • 具体措施：乡镇人民政府一旦发现违建厂房，会立即下达停工通知，并视情况组织联合执法队进行拆除。

2. 县级以上人民政府自然资源主管部门

   • 土地违法查处：自然资源主管部门（原国土资源部门）负责土地资源的统一管理和监督，审查土地使用是否符合土地利用总体规划。对于非法占用耕地、林地等农用地建设厂房的行为，自然资源主管部门有权进行调查处理，并依据《中华人民共和国土地管理法》实施行政处罚，如责令停止违法行为、限期拆除违法建筑，恢复土地原状。
   • 协作机制：自然资源主管部门还会与农业农村部门共同监管农村宅基地使用，防止超面积建房等违建行为。

二、其他协同部门及职责

1. 农业农村部门

   • 宅基地管理：农业农村部门负责审核宅基地申请，监督农户按批准范围建房。对于违规占用宅基地建设厂房等行为，农业农村部门会提出整改意见，并配合自然资源部门进行查处。

2. 住房和城乡建设部门

   • 质量安全监管：住房和城乡建设部门对在建农房进行技术指导，确保符合抗震、消防等安全标准。对于存在安全隐患的违建厂房，住房和城乡建设部门会要求整改或拆除。

3. 综合行政执法部门

   • 集中行使行政处罚权：在部分地区，综合行政执法部门会集中行使行政处罚权，直接参与违建厂房的拆除等执法行动。

三、监管流程与协作机制

1. 发现与报告：村委会、网格员或群众发现违建厂房后，需及时向乡镇政府或自然资源部门举报。
2. 联合调查：多部门组成工作组核实违建事实，区分土地违法与规划违法行为。
3. 分类处置：根据违法类型移交对应部门处理，重大案件可启动联合执法程序。
4. 强制执行：当事人不配合时，由作出处罚决定的机关依法申请法院强制执行。

四、法律后果与风险提示

• 法律后果：违建厂房不仅可能面临被拆除的风险，还可能因非法占用土地而受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
• 风险提示：在农村建设用地上建设厂房前，务必确保已取得合法的规划许可和土地使用手续。否则，一旦被发现违建，将面临严重的法律后果。

建议：如果您在农村建设用地上有建设厂房的计划，请务必提前咨询当地乡镇人民政府或自然资源主管部门，了解相关政策和手续要求，确保合法合规建设。如果您已经面临违建厂房的监管问题，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。