公司员工因贪污被发现后离职，离职证明的开具需遵循合法、客观、公正的原则，具体处理方式如下：

1. 离职证明的基本内容要求
   根据《劳动合同法实施条例》第二十四条，离职证明应包含劳动合同期限、解除或终止日期、工作岗位及在本单位工作年限四项核心信息。公司不得在离职证明中添加主观评价或与事实不符的内容（如“因贪污被辞退”等表述），否则可能涉嫌侵犯员工名誉权，引发劳动争议。

2. 贪污事实的合法处理路径

   • 若公司已掌握充分证据证明贪污行为：
     公司应通过内部调查程序固定证据（如财务记录、监控录像、证人证言等），并依据《劳动合同法》第三十九条第二款“严重违反用人单位规章制度”或第三款“被依法追究刑事责任”解除劳动合同。此时，离职证明仅需客观陈述解除原因（如“因严重违反公司规章制度解除劳动合同”），无需详细说明贪污细节。
     
   • 若贪污行为尚未经司法机关认定：
     公司不得在离职证明中主观定性员工行为，否则可能因证据不足被认定为违法解除。建议通过书面警告、调岗或协商解除等方式处理，并在离职证明中仅注明“双方协商一致解除劳动合同”等中性表述。

3. 离职证明的开具程序

   • 时效性：公司应在解除或终止劳动合同时一次性出具离职证明，逾期未出具可能面临行政处罚（《劳动合同法》第八十九条）。
     
   • 形式要求：需加盖公司公章，并由法定代表人或授权代表签字，确保文件效力。
     
   • 员工拒签处理：若员工拒绝签收，公司可通过EMS邮寄至劳动合同记载的地址，并保留邮寄凭证作为已履行的证明。

4. 风险防范建议

   • 避免内容违法：禁止在离职证明中写入“贪污”“盗窃”等定性词汇，或包含“不得再录用”等限制性条款。
     
   • 证据留存：若公司计划追究员工法律责任（如刑事报案或民事索赔），应单独保存贪污证据，与离职证明分开处理。
     
   • 协商补充材料：若新雇主要求了解离职原因，可由员工出具书面授权后，公司另行提供情况说明（需注意内容合法性）。

若公司已因离职证明内容与员工产生争议，建议立即停止使用争议文件，并依据实际证据重新出具合规证明。 如有进一步疑问，可直接向我咨询劳动法相关问题。