税务机关对开票有问题的情况立案审查，主要是基于以下核心原因：

1. 涉嫌偷逃税款
   开票问题（如虚开发票、开具与实际经营不符的发票、未按规定开具发票等）可能直接导致国家税款流失。例如，虚开发票可能被用于虚构交易、套取资金或转移利润，从而逃避增值税、企业所得税等税种的缴纳。税务机关通过立案审查，能够核实交易真实性，追缴应纳税款及滞纳金，并依法处罚违法行为。

2. 违反发票管理法规
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，发票的开具、取得、保管等环节均有严格规范。若企业或个人存在未按规定开具发票（如未填写完整信息、使用虚假发票、代开发票等），税务机关有权立案调查，以维护税收征管秩序。例如，使用“大头小尾”发票（即发票联金额大于存根联金额）属于典型违法行为，可能面临罚款甚至刑事责任。

3. 涉及其他经济犯罪
   开票问题可能与其他经济犯罪（如洗钱、诈骗、非法经营等）相关联。例如，虚开发票可能被用于掩盖非法资金流动，或为非法交易提供“合法”外衣。税务机关在审查中若发现此类线索，会移交公安机关进一步侦查，以打击上下游犯罪链条。

4. 保障税收公平与市场秩序
   合法经营的企业需如实开具发票并缴纳税款，而违规开票行为会破坏市场公平竞争环境。税务机关通过立案审查，能够纠正违法行为，保护守法企业的权益，维护税收公平原则。

税务立案审查的流程与后果
税务机关立案后，会通过调查取证（如核查账簿、询问当事人、调取银行流水等）确认违法事实。若查实存在偷逃税款，企业需补缴税款、滞纳金，并可能面临罚款（如偷税金额50%至5倍的罚款）；若情节严重（如虚开发票税额超过一定标准），还可能构成犯罪，需承担刑事责任（《刑法》第二百零五条）。

建议
若企业或个人涉及开票问题，应主动配合税务机关调查，及时整改并补缴税款，以降低法律风险。如有疑问，可直接向我咨询具体应对策略。