结论：在个体工商户登记经营者与实际经营者不一致的情况下，是否可以只起诉实际经营者需结合具体情形判断，但通常建议将两者列为共同被告以确保权益保障。以下是详细分析：

一、法律原则与基本规定

根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十九条第二款，营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致的，应以登记的经营者和实际经营者为共同诉讼人。这一规定体现了法律对“公示效力”与“实际责任”的平衡：

1. 登记经营者的公示效力：营业执照具有对外公示性，第三人基于对登记信息的信赖从事交易，登记经营者需承担一定责任。
2. 实际经营者的直接责任：实际经营者直接控制经营活动，是债务的直接产生主体，理应承担责任。

例外情形：若能证明第三人明知实际经营者身份（如合同明确约定），可能仅需起诉实际经营者，但实践中举证难度较高。

二、常见情形及起诉策略

1. 家庭经营或内部合作

• 情形：登记经营者为家庭成员A，但实际由其他成员（如配偶B）共同经营。
• 起诉对象：可列A和B为共同被告。例如夫妻店中，若丈夫登记但妻子参与经营，消费者可同时起诉两人。
• 法律依据：《民法典》第五十六条，家庭经营的以家庭财产承担债务。

2. 借用资质或挂靠经营

• 情形：A借用B的营业执照开展经营活动（如无资质者借用他人资质）。
• 起诉对象：
  • 债权人主张权利：直接起诉实际经营者A；
  • 第三人受损（如消费者因商品质量问题受伤）：可要求A承担赔偿责任，B承担连带责任（《民法典》第一千一百六十八条）。
• 实务建议：若B明知A借用资质却未制止，可能被认定为共同侵权。

3. 转让未变更登记

• 情形：原经营者C将店铺转让给D，但未办理登记变更。
• 起诉对象：
  • 若D以店铺名义对外经营，可直接起诉D；
  • 若C仍被列为登记经营者且存在过错（如未督促变更登记），可能需承担补充责任。
• 关键证据：转让协议、付款记录、实际经营证据（如员工证言）。

4. 冒用身份注册

• 情形：E未经F同意使用其身份信息注册个体工商户。
• 起诉对象：
  • F可起诉市场监管部门撤销虚假登记；
  • 第三人受损时，起诉实际经营者E，F无需承担责任（需证明被冒用）。
• 实务难点：被冒用者需提供充分证据（如身份证遗失证明、笔迹鉴定）。

三、实务建议

1. 优先起诉实际经营者：因其直接控制经营，判决执行可能性更高。
2. 追加登记经营者为共同被告：若实际经营者身份不明，或登记方存在过错（如明知被冒用却放任）。
3. 及时申请财产保全：防止实际经营者转移财产导致执行困难。
4. 行政救济前置：若发现登记错误（如被冒用），可先通过行政复议或行政诉讼纠正登记信息。

四、典型案例参考

• 案例：甲借用乙的身份证注册个体工商户，后拖欠丙货款。
• 判决结果：法院认定甲为实际经营者，判令甲承担还款责任；乙因未尽到证照管理义务，需对10%的债务承担连带责任。
• 启示：即使登记经营者未直接参与经营，也可能因过错承担部分责任。

总结：在登记经营者与实际经营者不一致时，是否可仅起诉实际经营者需结合具体法律关系判断。为最大限度保障权益，建议将两者列为共同被告，并充分收集实际经营证据（如合同、转账记录、员工证言）。若您遇到此类纠纷，可直接向我咨询，我将结合案情提供具体诉讼策略。