合作协议书合同过了四年是否有效，需根据具体情况综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议书的有效期与合同效力：

   • 若协议书中明确约定了有效期（如三年），且期满后双方未续签或达成新协议，则该协议在有效期届满后失去法律约束力。在这种情况下，过了四年的协议书是无效的。
   • 若协议书未明确约定有效期，只要其内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，且签订主体具有相应的民事行为能力，该协议书在法律上是持续有效的，直至被依法解除或终止。因此，过了四年的协议书仍然有效。

2. 诉讼时效对协议书的影响：

   • 若协议中涉及到债权请求权（如要求支付货款、偿还借款等），一般适用三年的诉讼时效。若权利人在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内未向法院提起诉讼，且无其他导致诉讼时效中断、中止的情形，义务人可提出诉讼时效抗辩。在这种情况下，虽然协议书本身仍然有效，但权利人的胜诉权可能受到影响。
   • 对于非债权请求权，如物权请求权、基于身份关系产生的请求权等，一般不适用诉讼时效的规定。即使过了四年，相关权利仍可依法行使。

3. 除斥期间对协议书的影响：

   • 若协议书涉及到形成权的行使（如撤销权、解除权等），且除斥期间已经届满，则相应的权利消灭。例如，因重大误解订立合同的撤销权，应自知道或应当知道撤销事由之日起九十日内行使，否则撤销权消灭。

4. 特殊类型的协议书：

   • 对于租赁合同等特殊类型的协议书，其有效性和期限可能受到特定法律规定的影响。例如，在租赁合同中，若租赁期限届满后承租人继续使用租赁物且出租人未提出异议，原租赁合同可能被视为继续有效，但此时合同期限变为不定期。

综上所述，合作协议书合同过了四年是否有效，取决于协议书的具体内容、有效期设定、合同效力、诉讼时效以及除斥期间等多个法律因素。在实际应用中，应仔细审查协议书的内容和相关法律规定，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。