针对您提出的“公司把员工毕业证丢失怎么处理”的问题，这确实是一个需要细致且妥善处理的情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，毕业证是员工的重要个人证件，具有极高的价值，公司有责任妥善保管。若不慎丢失，公司应承担相应的责任，并积极协助员工进行补办。
补办流程：
个人申请：员工需要向原毕业学校提出补办学历证明书的申请。这是补办流程的第一步，也是关键一步，因为学历证明书与毕业证书具有同等效力。
学校开具证明：原毕业学校在收到申请后，会核实员工的身份和学历信息，并开具学历证明书。如果原毕业学校已经合并，那么应由合并后的学校开具学历证明书，并在证明书上予以注明。
验印与审核：按照“谁验印，谁审核”的原则，原毕业学校有关负责同志需要到省教育厅或原办理毕业证验印的省辖市（县）教育局加盖“毕业证专用章”。这一步是确保学历证明书的合法性和有效性。
领取与邮寄：补办完成后，员工可以凭身份证到指定地点领取学历证明书，或者选择邮寄方式送达（邮费由申请人自理）。
公司责任与协助：
承担责任：公司应承认在毕业证丢失事件中的责任，并向员工表示歉意。
提供协助：公司应积极协助员工完成补办流程，包括提供必要的证明材料、联系原毕业学校等。
补偿措施：如果因毕业证丢失给员工造成了实际损失（如错过就业机会、需要额外支付补办费用等），公司应考虑给予适当的补偿。
预防措施与建议：
加强管理：公司应加强对员工证件的管理，建立完善的证件保管制度，确保类似事件不再发生。
提高意识：加强对员工的证件保护意识教育，让员工了解毕业证等重要证件的价值和保管方法。
备份存档：建议公司在接收员工证件时，进行复印或扫描存档，以备不时之需。
最后，我想强调的是，虽然毕业证丢失后可以通过补办学历证明书来弥补，但这一过程可能会耗费员工一定的时间和精力。因此，公司应高度重视员工证件的保管工作，切实履行好管理责任。如果员工在补办过程中遇到任何问题或困难，公司应积极提供帮助和支持。