若车牌照被人恶意遮挡且找不到直接证据，确实会面临一定的处理难题，但仍有多种途径可以尝试解决这一问题。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、法律后果与处罚
首先，需要明确的是，故意遮挡车牌是严重的交通违法行为。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，对于故意遮挡机动车号牌的行为，公安机关交通管理部门将依法予以处罚，包括罚款和扣分。具体来说，罚款金额在二十元以上二百元以下，同时会对驾驶证记9分。若在一个记分周期内被记满12分，则需重新参加交通安全法律法规的学习和考试。
二、处理方式与建议
当场发现时的处理：
- 自行沟通：如果当场发现有人恶意遮挡你的车牌，在确保安全的前提下，可以尝试与对方沟通，指出其违法行为及可能面临的处罚，劝其立即纠正。
- 拍照留证并举报：如果沟通无果或无法找到对方，应立即拍照留证，清晰拍摄车辆全貌、遮挡情况及位置信息，然后向当地交警部门举报。可以拨打122报警电话详细说明情况，或者通过交警官方网站、微信公众号等平台进行举报。
事后发现时的处理：
- 查看监控：如果是在自有场所（如小区、单位停车场）发现车牌被遮挡，应尽快查看监控录像，确定遮挡车牌的具体情况，包括时间、地点和可能的嫌疑人。
- 举报投诉：整理好相关证据，如监控录像截图、照片等，通过交警官方网站、微信公众号等平台或前往交警大队书面提交证据进行举报。虽然直接证据可能难以获取，但提供尽可能多的间接证据有助于交警部门的调查。
三、车主应对措施
- 立即清除遮挡物：一旦发现车牌被遮挡，无论是否知道遮挡者是谁，都应立即停车清除遮挡物，确保车牌清晰可见。
- 主动报告情况：向公安交通管理部门报告事件，并提供相关证据以便调查。虽然直接证据可能不足，但主动报告有助于交警部门了解情况并采取相应措施。
- 配合调查：积极配合交警部门的调查工作，如实陈述情况，提供协助。如果交警部门需要你提供更多信息或协助调查，应积极配合。
- 申诉处理：若因车牌被遮挡收到违法通知，且你认为自己并非故意行为，可以向交警部门提出申诉。在申诉时，提供相关证据证明你的清白，如监控录像、照片等。
四、预防措施
为了避免车牌被故意遮挡，车主可以采取以下预防措施：
- 选择安全停车地点：尽量将车辆停在有监控的停车场或路段，降低被恶意遮挡的风险。
- 定期检查车牌：定期检查车牌的清晰度，及时清除污渍和遮挡物。如果发现车牌有损坏或模糊不清的情况，应及时更换。
- 提高警惕：在停车时注意观察周围环境，发现有人试图遮挡车牌时应及时报警并保留证据。
最后需要强调的是，虽然找不到直接证据可能会给处理带来一定困难，但车主仍应积极采取措施维护自己的合法权益。同时，也应严格遵守交通安全法律法规，确保车牌清晰可见，避免给自己带来不必要的麻烦。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。