结论前置：在二手房交易中，中介扣房产证是否合法，需根据具体情况判断。一般情况下，中介未经授权擅自扣押房产证是不合法的行为，房屋所有权人有权要求中介归还并维护自己的合法权益；但在特定且合法的情形下，中介持有房产证可能是被允许的。
详细分析
一、中介扣押房产证的一般非法性
产权归属角度：
- 房产证是房屋所有权的重要凭证，代表着产权人对房屋的合法权利，包括占有、使用、收益和处分等。
- 中介通常不具备房屋所有权，因此无权将房产证进行扣押。如果中介未经房屋所有权人同意而擅自扣押房产证，这种行为可能构成侵权行为。
中介职责角度：
- 中介在二手房交易中的主要职责是提供信息、促成交易、协助办理手续等，并不包括扣押房产证。
- 中介合同通常仅规定中介人向委托人报告订立合同的机会或提供订立合同的媒介服务，并收取报酬，无权因促成合同成立或未解除房产交易而扣押房产证。
法律风险角度：
- 中介不当操作可能导致卖方财产损失，如私自抵押房产。
- 不良中介可能利用扣押房产证诱导卖方提前收款后不按约定推进交易，甚至卷款跑路。
二、中介扣押房产证的特殊合法性
有明确书面约定：
- 若房屋所有权人与中介在合同中明确约定，在特定情况下中介有权暂时扣押房产证以保障交易安全，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则中介按约扣押可能具有合法性。
- 例如，为防止卖方一房多卖，双方可约定在买方支付一定款项前由中介保管房产证。
经合法授权：
- 房屋所有权人以书面形式特别授权中介扣押房产证，此时中介的扣押行为基于合法授权而具有正当性。
- 在一些正规的房产交易过程中，为保障交易安全，防止欺诈行为，中介在有关监管部门的规范要求和监督下，暂时保管房产证以保障交易各方的权益，也可能被视为合法。
三、房屋所有权人的维权途径
如果中介没有合法依据而扣押房产证，房屋所有权人可以采取以下措施来维护自己的权益：
协商沟通：
- 首先尝试与中介进行友好协商，明确指出其行为缺乏合法依据，并要求限期归还房产证。这是解决纠纷最直接且成本较低的方式。
向行业协会或监管部门投诉：
- 如果协商无果，房屋所有权人可以向当地的房地产中介行业协会或者房地产管理部门反映情况，寻求他们的调解和处理。这些机构通常具有专业的调解能力和监管职责，能够有效地促使中介归还房产证。
法律途径：
- 若协商和投诉都无法解决问题，房屋所有权人可以考虑通过法律手段来维护自己的权益。具体来说，可以向法院提起诉讼，要求中介返还房产证，并可主张因扣押房产证给自己造成的损失赔偿。这一途径虽然成本较高，但具有强制性和权威性，能够确保房屋所有权人的合法权益得到有效保护。
总结与建议
在二手房交易中，中介扣房产证的行为需要谨慎对待。房屋所有权人应充分了解中介的动机和目的，确保自己的合法权益不受损害。如果同意中介扣押房产证，务必在合同中明确相关条款，并咨询专业法律意见以确保合规性。同时，房屋所有权人也应保持警惕，防范不良中介的欺诈行为。如果遇到任何疑虑或问题，应及时与中介沟通并向我咨询。