总公司总经理的贪污腐败行为，并不影响其或总公司对分公司进行调查的合法性及正当性。以下从几个角度进行详细分析：
公司治理结构与职责划分：
- 在公司治理结构中，总公司与分公司是上下级关系，总公司对分公司具有管理、监督和调查的职责。这种职责是基于公司内部的组织架构和管理需要，与总公司总经理的个人行为无关。
- 总公司总经理的贪污腐败行为，是其个人违反法律法规和公司规章制度的行为，应当受到法律的制裁和公司的内部处理。但这并不改变总公司对分公司进行调查的合法性和正当性。
调查的合法性与正当性：
- 总公司对分公司的调查，通常是为了了解分公司的经营状况、财务状况、合规情况等，以确保分公司的运营符合公司的整体战略和法律法规要求。
- 这种调查行为本身是基于公司管理和监督的需要，具有合法性和正当性。即使总公司总经理存在贪污腐败行为，也不影响调查行为的合法性和正当性，因为调查行为是由公司这一法人主体进行的，而非由总经理个人进行。
贪污腐败行为与调查行为的关系：
- 总公司总经理的贪污腐败行为，是其个人行为，与总公司对分公司的调查行为是两个独立的事件。
- 贪污腐败行为应当受到法律的制裁和公司的内部处理，但这并不妨碍总公司对分公司进行正常的调查活动。调查活动可以由公司其他合法授权的人员或机构进行，以确保调查的客观性和公正性。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，如果总公司总经理因贪污腐败行为被调查或处理，公司应当及时调整调查人员或机构，以确保调查的客观性和公正性。
- 同时，公司应当加强对内部人员的监督和管理，防止类似贪污腐败行为的发生，维护公司的声誉和利益。
总结与建议：
总公司总经理的贪污腐败行为，并不影响总公司对分公司进行调查的合法性和正当性。公司应当基于管理和监督的需要，对分公司进行正常的调查活动。同时，公司应当加强对内部人员的监督和管理，防止贪污腐败行为的发生。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。