收取车库管理费在一定条件下是合法的，但必须符合相关法律法规的规定，并遵循一定的原则和程序。以下是对此问题的详细分析：
合法性条件
合同约定：
- 如果业主与物业签订的物业服务合同中明确约定了物业对小区车库提供管理服务并收取相应费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么物业按照约定收取车库管理费是合法的。合同中应明确物业负责车库的日常清洁、秩序维护、照明维护、通风设备运行等具体服务内容，以及相应的收费标准。
业主大会同意：
- 经过业主大会或者业主委员会的讨论和同意，物业可以为了管理小区的停车秩序、维护公共区域的正常使用等合理目的，收取车库管理费。这一决策过程应确保公开透明，并充分反映业主的意愿。
有成本支出与服务提供：
- 当物业为车库管理提供了实际的服务，如安排专人负责引导车辆停放、维护停车区域的卫生和安全等，并因此产生了相应的成本支出时，收取合理的车库管理费也是合法的。
特殊情况处理
产权归属：
- 独立产权车库：通常按物业服务合同约定全额征收物业费，依据车库面积计算。
- 独立产权但建筑层高不足的车库：可能按合同约定减半征收物业费。
- 不具有独立产权的车库：一般不征收物业费，但若作为公共区域的一部分，且物业提供了管理服务，则可能根据实际情况收取一定费用。
未经合法程序：
- 若物业服务合同中没有关于车库管理费的约定，且物业公司未经业主大会同意擅自决定收费，这种行为缺乏合法依据，是不合理的。
注意事项与不合法情况
费用归属与透明度：
- 收取的车库管理费用应为全体业主共享，用于小区公共事务的管理和维护。物业公司需确保收费标准的透明性和合理性，向业主提供详细的收费清单及依据，并在小区内显著位置进行公示。
未提供服务或服务质量不达标：
- 如果物业只提供了简单的停车场地，并没有履行合同约定或应尽的车库管理服务，如未对车库进行卫生打扫、没有安排人员对车库进行巡逻等，业主可以质疑收费的合理性，并有权拒绝缴纳不合理费用。
违规收费的处理：
- 对于物业的违规收费行为，业主有权首先与物业进行沟通协商，要求其说明收费依据和服务内容。若协商不成，业主可以向当地的房地产管理部门、消费者协会等相关机构投诉举报，或通过法律途径向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
法律依据
- 根据《物业管理条例》第四十条，物业服务收费应遵循合理、公开及费用与服务水平相适应的原则。业主需根据物业服务合同的约定交纳费用。
- 根据《物业管理条例》第四十一条，业主应当根据物业服务合同的约定交纳物业服务费用。这意味着，如果车库作为物业服务的一部分，并有相关合同依据，那么收取物业费是合法的。
总结与建议：
收取车库管理费是否合法，主要取决于物业服务合同中是否有明确约定、服务内容是否实际提供以及是否符合法律法规。在合法合规且服务到位的情况下，收取车库管理费是合理的。业主应了解自身权益和义务，积极参与物业管理活动，共同维护良好的居住环境。若对车库管理费有异议，建议首先与物业公司沟通协商，若无法解决，可寻求相关机构或法律途径的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。