结论：员工申请医疗期，公司不批准的情况，需根据具体情况判断公司的做法是否合法，并采取相应的应对措施。以下从多个角度进行分析：
一、医疗期的法律规定
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的具体长度根据职工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为三个月到二十四个月不等。在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费。
二、公司不批准医疗期的合法性分析
若员工符合医疗期条件：
- 如果员工确实患病或非因工负伤，且符合医疗期的条件（即符合规定的医疗期时长和病假证明等要求），那么公司不批准医疗期是违法的。员工有权要求公司按照法律规定给予医疗期，并支付相应的病假工资或疾病救济费。
若员工不符合医疗期条件：
- 如果员工不符合医疗期的条件，例如没有提供有效的病假证明，或者所患疾病不属于需要停止工作治病休息的范围，那么公司有权不批准医疗期。但公司应明确告知员工不批准的理由，并确保决策过程合法合规。
三、员工应对措施
与公司沟通：
- 员工应首先与公司进行沟通，了解公司不批准医疗期的具体原因。如果是因为对医疗期政策理解有误或信息不对称导致的，可以通过沟通解决。
收集证据：
- 如果员工认为自己符合医疗期的条件，而公司仍然不批准，那么员工应收集相关证据，如病假证明、医疗记录等，以证明自己的病情和需要停止工作治病休息的事实。
申请劳动仲裁：
- 如果与公司沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司给予医疗期并支付相应的病假工资或疾病救济费。在申请劳动仲裁时，员工应提交相关证据和申请书，明确自己的诉求和理由。
四、公司可能面临的法律后果
支付赔偿金：
- 如果公司违法不批准医疗期，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金的数额根据员工的实际损失和公司的违法程度确定。
恢复劳动关系：
- 如果公司因不批准医疗期而解除了与员工的劳动合同，员工有权要求公司恢复劳动关系，并继续履行劳动合同约定的义务。
五、建议与提醒
- 对于员工：在申请医疗期时，应确保提供真实有效的病假证明和医疗记录，并了解自己的权益和公司的义务。如果遇到公司不批准的情况，应积极与公司沟通并寻求法律援助。
- 对于公司：应严格遵守医疗期的相关规定，确保决策过程合法合规。在员工申请医疗期时，应认真审核员工的申请材料，并给予合理的答复。如果员工符合医疗期的条件，应给予医疗期并支付相应的病假工资或疾病救济费。
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