在建设工程纠纷中，鉴定机构的收费是否需要比选，需分情况讨论，具体如下：

1. 若当事人已协商一致选定鉴定机构：
   根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十二条，当事人协商一致选定鉴定机构时，收费标准通常以双方与鉴定机构签订的委托合同为准。此时无需比选，但需注意合同中是否明确收费项目、计算方式及调整机制，避免后续争议。例如，若合同约定按争议标的额比例收费，则双方应按约定履行；若合同未明确，可能引发纠纷。

2. 若当事人无法协商一致，需由法院指定鉴定机构：
   根据《民事诉讼法》第七十九条，法院指定鉴定机构时，应遵循“随机、公开、透明”原则，通常通过摇号、抽签等方式从备案名录中选定。此时收费标准由被选定的鉴定机构根据《司法鉴定收费管理办法》或地方性规定确定，当事人无需自行比选，但可要求法院提供收费依据（如政府指导价文件）。若鉴定机构收费明显高于市场价或存在违规收费，当事人可向法院提出异议，要求重新选定或调整费用。

3. 特殊情形下的比选义务：

   • 地方性规定要求比选：部分省份（如江苏、广东）的司法鉴定管理条例可能规定，对重大、复杂或争议标的额较大的案件，当事人可申请对多家鉴定机构的收费方案进行比选。此时需结合地方规定操作。
     
   • 鉴定机构主动提供比选方案：若鉴定机构为争取业务，主动向当事人提供不同收费方案（如阶梯收费、风险代理等），当事人可基于成本效益分析自主选择，但需确保方案合法（如风险代理不得违反《司法鉴定收费管理办法》禁止性规定）。

实务建议：

• 签订委托合同前，要求鉴定机构出具详细收费清单，明确包含检测费、差旅费、专家咨询费等所有项目，避免隐性收费。
  
• 若对收费有异议，可要求鉴定机构提供同类案件收费案例，或向当地司法局、物价局查询政府指导价标准。
  
• 涉及重大利益时，建议委托律师审核鉴定合同，防范因收费条款瑕疵导致权益受损。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件中的收费合规问题。