当二次开庭时被告缺席，法院会根据案件类型及具体情况，依据相关法律法规作出相应处理。以下是对此问题的详细解答：
一、民事案件中的处理
缺席判决：
- 若被告经人民法院传票传唤，无正当理由拒不到庭，或未经法庭许可中途退庭，法院可以缺席判决。这是民事案件中处理被告缺席的常见方式。
- 缺席判决时，法庭会全面审查原告提供的证据，判断其真实性、合法性和关联性，并基于这些证据认定案件事实，进而作出判决。
拘传：
- 对于必须到庭的被告，如负有赡养、抚育、扶养义务的被告，若经两次传票传唤无正当理由拒不到庭，法院可以采取拘传措施，强制其到庭应诉。
特殊情况处理：
- 若被告因疾病、自然灾害等不可抗力因素无法到庭，可以向法院申请延期开庭或提供相应证据。法院将根据实际情况决定是否准许延期或采取其他措施。
二、刑事案件中的处理
特定情形下的缺席审判：
- 如被告人患严重疾病无法出庭，且中止审理超六个月仍无法出庭但申请或同意恢复审理的，法院可缺席审理并判决。
- 对于贪污贿赂、严重危害国家安全、恐怖活动犯罪等特定类型案件，若被告人在境外且检察院认为犯罪事实清楚、证据确实充分，可向法院提起公诉，法院审查符合条件后决定开庭审判。
处理流程：
- 法院会启动缺席审判程序，并通过外交途径等送达传票及起诉书副本给境外被告人，告知其辩护权利。
- 法庭按法定程序审理，检察院出示证据，辩护人进行辩护，法院依法判决。
三、行政案件中的处理
行政案件中被告缺席的处理方式与民事案件类似。经传票传唤被告无正当理由拒不到庭或中途退庭的，法院可缺席判决。处理流程也包括查明情况、审查理由及缺席审理与判决。
四、共同注意事项
缺席判决的法律效力：
- 无论哪种案件类型，缺席判决后，被告仍需履行判决所确定的义务。不履行者，胜诉方可向法院申请强制执行。
提前沟通的重要性：
- 如有特殊情况不能出庭，被告应提前与法院沟通，申请延期开庭或其他解决方式。这有助于避免不必要的法律后果，并充分行使自己的诉讼权利。
五、建议
对于被告而言，最好能够按时出庭应诉，以充分行使自己的诉讼权利并避免可能的不利后果。若确实无法出庭，应提前与法院沟通并提交相关证据或申请延期开庭。同时，被告也应积极准备证据材料，以支持自己的主张或反驳原告的指控。
综上所述，二次开庭时被告缺席的处理方式取决于案件类型及具体情况。法院会依据相关法律法规作出公正、公平和合法的处理。