工业用地上的在建工程在一定条件下是可以合法转让的，但必须同时满足工业用地转让和在建工程转让的相关法律条件和程序。以下是对这一问题的详细解答：
一、工业用地转让的基本条件
符合规划用途：
- 工业用地的转让必须符合城市规划和国家产业政策，受让方使用土地的用途需与土地出让合同约定的用途一致，即必须用于工业生产或相关配套活动。
完成开发投资总额：
- 转让方需按照出让合同约定支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书。
- 对于房屋建设工程，需完成开发投资总额的百分之二十五以上；对于成片开发土地，需形成工业用地或其他建设用地条件。
权属清晰无纠纷：
- 转让的工业用地必须权属清晰，没有设定抵押权或其他权利限制，不存在任何产权纠纷或法律诉讼。
符合环保等要求：
- 转让的工业用地及其上的建筑物应符合国家及地方的环保、消防、安全等标准。
缴纳相关税费：
- 转让过程中，双方需依法缴纳相关税费，包括但不限于契税、印花税、土地增值税等。
二、在建工程转让的特定条件
土地使用权证书与出让金支付：
- 转让方必须已经按照出让合同的约定支付了全部土地使用权出让金，并取得了土地使用权证书。
开发投资要求（与工业用地转让中的要求一致）：
- 对于房屋建设工程，需完成开发投资总额的百分之二十五以上。
其他相关证书：
- 若房屋已建成部分，转让方应持有相应的建设手续，如建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证等。
受让方资格：
- 受让方必须具备相应的资质和实力，能够按照约定继续完成工程的建设和开发，特别是要符合工业用地使用的相关要求。
三、转让程序与手续
签订书面转让合同：
- 转让人和受让人应签订书面的在建工程转让合同，明确双方的权利和义务，包括转让价款、支付方式、工程交付时间、工程质量责任等关键条款。
办理相关变更登记：
- 双方需到土地管理部门办理土地使用权变更登记手续，将土地使用权变更至受让人名下。
- 同时，涉及建设工程规划许可证、施工许可证等相关建设手续的，也需按规定到相应的建设行政主管部门办理变更手续。
公告与公示（如适用）：
- 根据当地规定，土地使用权转让可能需要进行公告或公示程序，以确保交易的公开、公平、公正。
领取新的土地使用权证及相关证书：
- 完成变更登记后，受让方可领取新的土地使用权证，并可能需要根据工程进度领取其他相关建设手续证书。
四、注意事项
了解当地政策：
- 不同地区的工业用地和在建工程转让政策可能存在差异，因此在转让前应充分了解当地的相关政策和规定。
核实土地和工程信息：
- 在转让前，应对土地和工程的基本信息进行全面核实，包括土地位置、面积、用途、权属状况以及工程进度、质量等。
评估土地和工程价值：
- 建议聘请专业的评估机构对土地和工程进行评估，以确定合理的转让价格。
谨慎选择受让方：
- 转让方应谨慎选择受让方，确保其具备相应的资质和实力，能够按照约定履行义务，特别是要符合工业用地使用的相关要求。
综上所述，工业用地上的在建工程转让是一个复杂且需谨慎处理的过程。通过满足法定条件、遵循法定程序，并充分注意法律风险与防范，可以确保转让的合法性和有效性，保护双方的合法权益。