手持法院调查令调查公司合同，若公司拒不配合，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 明确法律责任与后果：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院调查令是法院依法签发的，具有法律效力的文书。被调查人（即公司）有义务配合调查，提供相关证据或资料。
   • 若公司拒不配合，可能构成妨碍民事诉讼的行为，法院有权对其采取罚款、拘留等强制措施，甚至可能追究其刑事责任（在情节严重的情况下）。

2. 与公司沟通协商：

   • 在采取法律手段之前，您可以先尝试与公司进行沟通协商，明确告知其法院调查令的法律效力和拒不配合的后果。
   • 通过友好协商，有时可以促使公司主动配合调查，避免不必要的法律纠纷。

3. 向法院申请强制执行：

   • 如果公司仍然拒不配合，您可以向签发调查令的法院申请强制执行。
   • 法院在收到申请后，会依法对公司的行为进行审查，并视情况采取相应的强制措施，如罚款、拘留等，以迫使公司配合调查。

4. 考虑其他法律途径：

   • 如果公司拒不配合调查的行为严重影响了您的合法权益，您还可以考虑通过其他法律途径来维护自己的权益，如提起民事诉讼等。
   • 在民事诉讼中，您可以要求法院判决公司承担相应的法律责任，并赔偿您因此遭受的损失。

5. 注意事项与建议：

   • 在整个过程中，您应保留好所有与调查令、公司拒不配合相关的证据材料，以便在需要时向法院提供。
   • 同时，建议您及时咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据您的具体情况，为您制定更合适的法律策略，帮助您更好地维护自己的合法权益。

行动建议：

• 首先，尝试与公司进行友好沟通，明确告知其法院调查令的法律效力和拒不配合的后果。
• 如果沟通无果，立即向签发调查令的法院申请强制执行，并保留好所有相关证据材料。
• 在整个过程中，如有需要，请及时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和指导。